論文の概要: Automating Exploratory Proteomics Research via Language Models

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2411.03743v1
• Date: Wed, 06 Nov 2024 08:16:56 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-11-07 19:22:52.096663
• Title: Automating Exploratory Proteomics Research via Language Models
• Title（参考訳）: 言語モデルによる探索プロテオミクス研究の自動化
• Authors: Ning Ding, Shang Qu, Linhai Xie, Yifei Li, Zaoqu Liu, Kaiyan Zhang, Yibai Xiong, Yuxin Zuo, Zhangren Chen, Ermo Hua, Xingtai Lv, Youbang Sun, Yang Li, Dong Li, Fuchu He, Bowen Zhou,
• Abstract要約: PROTEUSは、生データから科学的発見を行うための完全に自動化されたシステムである。 人間の介入なしに研究目的、分析結果、新しい生物学的仮説を包括的に作成する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 22.302672656499315
• License:
• Abstract: With the development of artificial intelligence, its contribution to science is evolving from simulating a complex problem to automating entire research processes and producing novel discoveries. Achieving this advancement requires both specialized general models grounded in real-world scientific data and iterative, exploratory frameworks that mirror human scientific methodologies. In this paper, we present PROTEUS, a fully automated system for scientific discovery from raw proteomics data. PROTEUS uses large language models (LLMs) to perform hierarchical planning, execute specialized bioinformatics tools, and iteratively refine analysis workflows to generate high-quality scientific hypotheses. The system takes proteomics datasets as input and produces a comprehensive set of research objectives, analysis results, and novel biological hypotheses without human intervention. We evaluated PROTEUS on 12 proteomics datasets collected from various biological samples (e.g. immune cells, tumors) and different sample types (single-cell and bulk), generating 191 scientific hypotheses. These were assessed using both automatic LLM-based scoring on 5 metrics and detailed reviews from human experts. Results demonstrate that PROTEUS consistently produces reliable, logically coherent results that align well with existing literature while also proposing novel, evaluable hypotheses. The system's flexible architecture facilitates seamless integration of diverse analysis tools and adaptation to different proteomics data types. By automating complex proteomics analysis workflows and hypothesis generation, PROTEUS has the potential to considerably accelerate the pace of scientific discovery in proteomics research, enabling researchers to efficiently explore large-scale datasets and uncover biological insights.
• Abstract（参考訳）: 人工知能の発展に伴い、その科学への貢献は、複雑な問題をシミュレートするから、研究プロセス全体を自動化し、新しい発見を生み出すまで進化している。 この進歩を達成するためには、現実世界の科学データに基づく専門的な一般的なモデルと、人間の科学的方法論を反映する反復的な探索的なフレームワークの両方が必要である。 本稿では,プロテオミクスデータから科学的発見を行うための完全自動化システム PROTEUS を提案する。 PROTEUSは大規模言語モデル(LLM)を用いて階層的計画を行い、特殊なバイオインフォマティクスツールを実行し、分析ワークフローを反復的に洗練し、高品質な科学的仮説を生成する。 このシステムは、プロテオミクスデータセットを入力として、人間の介入なしに研究目的、分析結果、新しい生物学的仮説を包括的に生成する。 各種生体試料(例えば免疫細胞,腫瘍)および各種試料(単細胞,バルク)から採取した12種類のプロテオミクスデータセットを用いてProteusを評価し,191の科学的仮説を導出した。 これらの評価は、自動LLMによる5つの指標のスコアと、人間の専門家による詳細なレビューの両方を用いて行われた。 結果から, ProTEUS は既存の文献と整合する信頼性, 論理的整合性のある結果を一貫して生成し, 新規で評価可能な仮説も提案した。 システムの柔軟なアーキテクチャは、多様な分析ツールのシームレスな統合と、さまざまなプロテオミクスデータタイプへの適応を促進する。 複雑なプロテオミクス分析ワークフローと仮説生成の自動化により、ProteUSはプロテオミクス研究における科学的発見のペースを大幅に加速する可能性があり、研究者は大規模データセットを効率的に探索し、生物学的洞察を明らかにすることができる。

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