論文の概要: GloFinder: AI-empowered QuPath Plugin for WSI-level Glomerular Detection, Visualization, and Curation

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2411.18795v1
• Date: Wed, 27 Nov 2024 22:34:35 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-12-02 15:20:26.510103
• Title: GloFinder: AI-empowered QuPath Plugin for WSI-level Glomerular Detection, Visualization, and Curation
• Title（参考訳）: GloFinder:WSIレベルの球状検出、可視化、キュレーションのためのAIを活用したQuPathプラグイン
• Authors: Jialin Yue, Tianyuan Yao, Ruining Deng, Siqi Lu, Junlin Guo, Quan Liu, Mengmeng Yin, Juming Xiong, Haichun Yang, Yuankai Huo,
• Abstract要約: GloFinderは、WSI全体のシングルクリック自動グロマリ検出用に設計されたQuPathプラグインである。 正確なオブジェクトローカライゼーションに円表現を利用するアンカーフリー検出フレームワークであるCircleNetを採用している。 このプラグインにはWeighted Circle Fusion (WCF)が組み込まれており、複数のCircleNetモデルの信頼性スコアを組み合わせて洗練された予測を生成するアンサンブル手法である。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 8.952839722267216
• License:
• Abstract: Artificial intelligence (AI) has demonstrated significant success in automating the detection of glomeruli, the key functional units of the kidney, from whole slide images (WSIs) in kidney pathology. However, existing open-source tools are often distributed as source code or Docker containers, requiring advanced programming skills that hinder accessibility for non-programmers, such as clinicians. Additionally, current models are typically trained on a single dataset and lack flexibility in adjusting confidence levels for predictions. To overcome these challenges, we introduce GloFinder, a QuPath plugin designed for single-click automated glomeruli detection across entire WSIs with online editing through the graphical user interface (GUI). GloFinder employs CircleNet, an anchor-free detection framework utilizing circle representations for precise object localization, with models trained on approximately 160,000 manually annotated glomeruli. To further enhance accuracy, the plugin incorporates Weighted Circle Fusion (WCF), an ensemble method that combines confidence scores from multiple CircleNet models to produce refined predictions, achieving superior performance in glomerular detection. GloFinder enables direct visualization and editing of results in QuPath, facilitating seamless interaction for clinicians and providing a powerful tool for nephropathology research and clinical practice.
• Abstract（参考訳）: 人工知能(AI)は腎病理のスライド画像全体(WSI)から腎の機能単位である糸球体の自動検出に成功している。 しかし、既存のオープンソースツールは、しばしばソースコードやDockerコンテナとして配布され、臨床医のような非プログラマのアクセシビリティを妨げる高度なプログラミングスキルを必要とする。 さらに、現在のモデルは一般的に単一のデータセットでトレーニングされており、予測の信頼性レベルを調整する柔軟性に欠けています。 これらの課題を克服するために、GloFinderというQuPathプラグインを導入しました。これは、グラフィカルユーザインタフェース(GUI)を通じてオンライン編集を行うWSI全体にわたって、シングルクリックで自動グロマリ検出用に設計されたプラグインです。 GloFinderにはCircleNetというアンカーフリーな検出フレームワークが採用されている。 さらに精度を高めるために、プラグインは、複数のサークルネットモデルからの信頼度スコアを組み合わせ、洗練された予測を生成するアンサンブル法であるWeighted Circle Fusion (WCF)を組み込んだ。 GloFinderはQuPathにおける結果の直接視覚化と編集を可能にし、臨床医とのシームレスな相互作用を促進し、腎病理学の研究と臨床実践のための強力なツールを提供する。

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