論文の概要: OCSU: Optical Chemical Structure Understanding for Molecule-centric Scientific Discovery
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2501.15415v1
- Date: Sun, 26 Jan 2025 06:14:29 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2025-01-28 13:56:33.850494
- Title: OCSU: Optical Chemical Structure Understanding for Molecule-centric Scientific Discovery
- Title（参考訳）: OCSU:分子中心の科学発見のための光学化学構造理解
- Authors: Siqi Fan, Yuguang Xie, Bowen Cai, Ailin Xie, Gaochao Liu, Mu Qiao, Jie Xing, Zaiqing Nie,
- Abstract要約: 分子画像とキャプションサブタスクの変化は、画像表現学習とタスクモデリングの両方において大きな課題となる。
本稿では,OCSRを分子画像キャプションに拡張するOCSUタスクを提案する。
本稿では,OCSRに基づく手法とエンドツーエンドのOCSRフリー手法の2つのアプローチを提案する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 4.905515668299634
- License:
- Abstract: Understanding the chemical structure from a graphical representation of a molecule is a challenging image caption task that would greatly benefit molecule-centric scientific discovery. Variations in molecular images and caption subtasks pose a significant challenge in both image representation learning and task modeling. Yet, existing methods only focus on a specific caption task that translates a molecular image into its graph structure, i.e., OCSR. In this paper, we propose the Optical Chemical Structure Understanding (OCSU) task, which extends OCSR to molecular image caption from motif level to molecule level and abstract level. We present two approaches for that, including an OCSR-based method and an end-to-end OCSR-free method. The proposed Double-Check achieves SOTA OCSR performance on real-world patent and journal article scenarios via attentive feature enhancement for local ambiguous atoms. Cascading with SMILES-based molecule understanding methods, it can leverage the power of existing task-specific models for OCSU. While Mol-VL is an end-to-end optimized VLM-based model. An OCSU dataset, Vis-CheBI20, is built based on the widely used CheBI20 dataset for training and evaluation. Extensive experimental results on Vis-CheBI20 demonstrate the effectiveness of the proposed approaches. Improving OCSR capability can lead to a better OCSU performance for OCSR-based approach, and the SOTA performance of Mol-VL demonstrates the great potential of end-to-end approach.
- Abstract（参考訳）: 分子のグラフィカルな表現から化学構造を理解することは、分子中心の科学的発見に大いに役立つ、難しいイメージキャプションタスクである。
分子画像とキャプションサブタスクの変化は、画像表現学習とタスクモデリングの両方において大きな課題となる。
しかし、既存の手法では、分子画像をそのグラフ構造、すなわちOCSRに変換する特定のキャプションタスクのみに焦点を当てている。
本稿では,OCSRを分子画像キャプションにモチーフレベルから分子レベル,抽象レベルまで拡張するOCSUタスクを提案する。
本稿では,OCSRに基づく手法とエンドツーエンドのOCSRフリー手法の2つのアプローチを提案する。
提案したDouble-Checkは、実世界の特許およびジャーナル記事のシナリオ上で、局所不明瞭な原子に対する注意的特徴強化を通じてSOTA OCSR性能を達成する。
SMILESベースの分子理解手法を用いて、既存のタスク固有モデルの力をOCSUに活用することができる。
Mol-VLはエンドツーエンドのVLMベースのモデルである。
OCSUデータセットであるVis-Chebi20は、トレーニングと評価に広く使用されているCheBI20データセットに基づいて構築されている。
Vis-Chebi20の大規模な実験結果から,提案手法の有効性が示された。
OCSR能力の向上により、OCSRベースのアプローチではより優れたOCSU性能が得られ、Mol-VLのSOTA性能はエンドツーエンドアプローチの大きな可能性を示している。
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