論文の概要: Identifying Critical Phases for Disease Onset with Sparse Haematological Biomarkers

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2503.14561v1
• Date: Tue, 18 Mar 2025 07:29:45 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-03-20 15:29:57.422645
• Title: Identifying Critical Phases for Disease Onset with Sparse Haematological Biomarkers
• Title（参考訳）: 希少な血液マーカーによる疾患発症のクリティカルフェーズの同定
• Authors: Andrea Zerio, Maya Bechler-Speicher, Tine Jess, Aleksejs Sazonovs,
• Abstract要約: 臨床血液検査は、大規模生物医学研究のための新しい分子データ源である。 従来の計算法は、生物学的解釈性に欠けながら歪んだ学習信号とバイアス予測にアプローチする。 デルタバイオマーカートラジェクトリをモデル化するために,GNAN(Graph Neural Additive Networks)を用いた新しい手法を提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
• Abstract: Routinely collected clinical blood tests are an emerging molecular data source for large-scale biomedical research but inherently feature irregular sampling and informative observation. Traditional approaches rely on imputation, which can distort learning signals and bias predictions while lacking biological interpretability. We propose a novel methodology using Graph Neural Additive Networks (GNAN) to model biomarker trajectories as time-weighted directed graphs, where nodes represent sampling events and edges encode the time delta between events. GNAN's additive structure enables the explicit decomposition of feature and temporal contributions, allowing the detection of critical disease-associated time points. Unlike conventional imputation-based approaches, our method preserves the temporal structure of sparse data without introducing artificial biases and provides inherently interpretable predictions by decomposing contributions from each biomarker and time interval. This makes our model clinically applicable, as well as allowing it to discover biologically meaningful disease signatures.
• Abstract（参考訳）: 定期的に収集された臨床血液検査は、大規模生物医学研究のための新しい分子データ源であるが、本質的に不規則なサンプリングと情報的観察を特徴としている。 従来のアプローチでは、生物学的解釈性に欠けながら、学習信号やバイアス予測を歪ませる計算に頼っていた。 本稿では,生物マーカートラジェクトリを時間重み付き有向グラフとしてモデル化するために,GNAN (Graph Neural Additive Networks) を用いた新しい手法を提案する。 GNANの付加構造は、特徴と時間的貢献の明確な分解を可能にし、重要な疾患関連点の検出を可能にする。 従来の計算手法と異なり,本手法は人工バイアスを伴わずにスパースデータの時間構造を保存し,各バイオマーカーと時間間隔からのコントリビューションを分解することによって,本質的に解釈可能な予測を行う。 これにより、我々のモデルは臨床的に適用でき、生物学的に有意義な疾患の徴候を発見できる。

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