論文の概要: From Low Field to High Value: Robust Cortical Mapping from Low-Field MRI
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2505.12228v1
- Date: Sun, 18 May 2025 04:24:18 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2025-05-20 14:57:11.105951
- Title: From Low Field to High Value: Robust Cortical Mapping from Low-Field MRI
- Title(参考訳): 低磁場から高値へ:低磁場MRIからのロバスト皮質マッピング
- Authors: Karthik Gopinath, Annabel Sorby-Adams, Jonathan W. Ramirez, Dina Zemlyanker, Jennifer Guo, David Hunt, Christine L. Mac Donald, C. Dirk Keene, Timothy Coalson, Matthew F. Glasser, David Van Essen, Matthew S. Rosen, Oula Puonti, W. Taylor Kimberly, Juan Eugenio Iglesias,
- Abstract要約: 携帯型LF-MRIの3次元再構成と解析のための機械学習手法を提案する。
我々は、合成LF-MRIで訓練された3次元U-Netを用いて、皮質表面の符号付き距離関数を予測する。
本手法は,携帯型LF-MRIにおける皮質表面分析の実現に向けたステップである。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 3.341362699606649
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
- Abstract: Three-dimensional reconstruction of cortical surfaces from MRI for morphometric analysis is fundamental for understanding brain structure. While high-field MRI (HF-MRI) is standard in research and clinical settings, its limited availability hinders widespread use. Low-field MRI (LF-MRI), particularly portable systems, offers a cost-effective and accessible alternative. However, existing cortical surface analysis tools are optimized for high-resolution HF-MRI and struggle with the lower signal-to-noise ratio and resolution of LF-MRI. In this work, we present a machine learning method for 3D reconstruction and analysis of portable LF-MRI across a range of contrasts and resolutions. Our method works "out of the box" without retraining. It uses a 3D U-Net trained on synthetic LF-MRI to predict signed distance functions of cortical surfaces, followed by geometric processing to ensure topological accuracy. We evaluate our method using paired HF/LF-MRI scans of the same subjects, showing that LF-MRI surface reconstruction accuracy depends on acquisition parameters, including contrast type (T1 vs T2), orientation (axial vs isotropic), and resolution. A 3mm isotropic T2-weighted scan acquired in under 4 minutes, yields strong agreement with HF-derived surfaces: surface area correlates at r=0.96, cortical parcellations reach Dice=0.98, and gray matter volume achieves r=0.93. Cortical thickness remains more challenging with correlations up to r=0.70, reflecting the difficulty of sub-mm precision with 3mm voxels. We further validate our method on challenging postmortem LF-MRI, demonstrating its robustness. Our method represents a step toward enabling cortical surface analysis on portable LF-MRI. Code is available at https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/ReconAny
- Abstract(参考訳): 形態計測解析のためのMRIによる皮質表面の3次元再構成は、脳構造を理解するための基礎となる。
高磁場MRI(HF-MRI)は研究や臨床において標準であるが、可用性の限界は広く使われることを妨げている。
低磁場MRI(LF-MRI)は、特にポータブルなシステムであり、コスト効率が高くアクセスしやすい代替手段を提供する。
しかし,既存の皮質表面分析ツールは高分解能HF-MRIに最適化されており,低信号対雑音比とLF-MRIの分解能に苦慮している。
本研究では,可搬型LF-MRIの3次元再構成と解析のための機械学習手法を提案する。
我々の方法は再訓練せずに「アウト・オブ・ザ・ボックス」で機能する。
合成LF-MRIで訓練された3次元U-Netを使用して、皮質表面の符号付き距離関数を予測し、幾何学的処理により位相的精度を確保する。
その結果, LF-MRI表面再構成の精度は, コントラストタイプ(T1対T2), 方向(軸方向対等方性), 解像度など, 取得パラメータに依存することがわかった。
3mm等方性T2重み付きスキャンは4分以内で取得され、表面積はr=0.96で相関し、皮質のパーセルはDice=0.98に到達し、灰色物質体積はr=0.93に達する。
皮質の厚さは、r=0.70までの相関でより困難であり、3mmのボクセルとのサブミリ精度の難しさを反映している。
さらに,その頑健さを実証し,術後のLF-MRIに挑戦する方法について検討した。
本手法は,携帯型LF-MRIにおける皮質表面分析の実現に向けたステップである。
コードはhttps://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/ReconAnyで入手できる。
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