論文の概要: ForamDeepSlice: A High-Accuracy Deep Learning Framework for Foraminifera Species Classification from 2D Micro-CT Slices
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2512.00912v1
- Date: Sun, 30 Nov 2025 14:30:16 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2025-12-02 19:46:34.494056
- Title: ForamDeepSlice: A High-Accuracy Deep Learning Framework for Foraminifera Species Classification from 2D Micro-CT Slices
- Title(参考訳): ForamDeepSlice:2DマイクロCTスライスからのForaminifera種分類のための高精度ディープラーニングフレームワーク
- Authors: Abdelghafour Halimi, Ali Alibrahim, Didier Barradas-Bautista, Ronell Sicat, Abdulkader M. Afifi,
- Abstract要約: 本研究は,12種のフォアミニフェラの自動分類のための総合的な深層学習パイプラインを提案する。
我々は,27種にわたる97個のマイクロCTスキャン標本からなる科学的に厳密なデータセットをキュレートした。
検体レベルでのデータ分割を行い、109,617個の高品質な2Dスライスを得た。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.5219568203653523
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: This study presents a comprehensive deep learning pipeline for the automated classification of 12 foraminifera species using 2D micro-CT slices derived from 3D scans. We curated a scientifically rigorous dataset comprising 97 micro-CT scanned specimens across 27 species, selecting 12 species with sufficient representation for robust machine learning. To ensure methodological integrity and prevent data leakage, we employed specimen-level data splitting, resulting in 109,617 high-quality 2D slices (44,103 for training, 14,046 for validation, and 51,468 for testing). We evaluated seven state-of-the-art 2D convolutional neural network (CNN) architectures using transfer learning. Our final ensemble model, combining ConvNeXt-Large and EfficientNetV2-Small, achieved a test accuracy of 95.64%, with a top-3 accuracy of 99.6% and an area under the ROC curve (AUC) of 0.998 across all species. To facilitate practical deployment, we developed an interactive advanced dashboard that supports real-time slice classification and 3D slice matching using advanced similarity metrics, including SSIM, NCC, and the Dice coefficient. This work establishes new benchmarks for AI-assisted micropaleontological identification and provides a fully reproducible framework for foraminifera classification research, bridging the gap between deep learning and applied geosciences.
- Abstract(参考訳): 本研究では,3次元スキャンから得られた2次元マイクロCTスライスを用いて,12種の自動分類のための包括的深層学習パイプラインを提案する。
我々は,27種にわたる97種のマイクロCTスキャン標本からなる科学的に厳密なデータセットをキュレートし,頑健な機械学習に十分な表現で12種を選択した。
その結果、109,617個の高品質2Dスライス(トレーニング44,103個,バリデーション14,046個,テスト51,468個)が得られた。
トランスファーラーニングを用いて,最先端の2D畳み込みニューラルネットワーク(CNN)アーキテクチャを7つ評価した。
最後のアンサンブルモデルであるConvNeXt-LargeとEfficientNetV2-Smallは95.64%の精度で、トップ3の精度は99.6%、ROC曲線(AUC)の面積は0.998である。
そこで我々は,SSIM,NCC,Dice係数などの高度な類似度指標を用いて,リアルタイムスライス分類と3次元スライスマッチングをサポートする対話型アドバンストダッシュボードを開発した。
この研究は、AIによる微動的識別のための新しいベンチマークを確立し、フォアミニフェラ分類研究のための完全な再現可能なフレームワークを提供し、ディープラーニングと応用地球科学のギャップを埋める。
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