論文の概要: Bridging Distance and Spectral Positional Encodings via Anchor-Based Diffusion Geometry Approximation
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2601.04517v1
- Date: Thu, 08 Jan 2026 02:31:03 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-01-09 17:01:52.995717
- Title: Bridging Distance and Spectral Positional Encodings via Anchor-Based Diffusion Geometry Approximation
- Title(参考訳): アンカーベース拡散幾何学近似によるブリジング距離とスペクトル位置符号化
- Authors: Zimo Yan, Zheng Xie, Runfan Duan, Chang Liu, Wumei Du,
- Abstract要約: 広く使われている2つのファミリーは、ラプラシアンまたは拡散演算子に由来するスペクトル符号化と、最短パス情報から構築されたアンカーベース距離符号化である。
我々は, 乱れた拡散座標を変換されたアンカー距離とアンカースペクトル位置から再構成する明示的な3次写像を導出した。
共有GNPベースのDDI予測バックボーンを用いたDarmBank分子グラフでは、距離駆動Nystrmスキームが拡散幾何学を密接に回復する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 7.270459013324939
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
- Abstract: Molecular graph learning benefits from positional signals that capture both local neighborhoods and global topology. Two widely used families are spectral encodings derived from Laplacian or diffusion operators and anchor-based distance encodings built from shortest-path information, yet their precise relationship is poorly understood. We interpret distance encodings as a low-rank surrogate of diffusion geometry and derive an explicit trilateration map that reconstructs truncated diffusion coordinates from transformed anchor distances and anchor spectral positions, with pointwise and Frobenius-gap guarantees on random regular graphs. On DrugBank molecular graphs using a shared GNP-based DDI prediction backbone, a distance-driven Nyström scheme closely recovers diffusion geometry, and both Laplacian and distance encodings substantially outperform a no-encoding baseline.
- Abstract(参考訳): 分子グラフ学習は、地域とグローバルトポロジーの両方を捉える位置信号の恩恵を受ける。
広く使われている2つのファミリーは、ラプラシアまたは拡散演算子に由来するスペクトル符号化と、最短パス情報から構築されたアンカーベース距離符号化であるが、それらの正確な関係は理解されていない。
我々は、距離符号化を拡散幾何学の低ランク代用として解釈し、ランダムな正則グラフ上の点とフロベニウスギャップの保証とともに、変換されたアンカー距離とアンカースペクトル位置から、切り離された拡散座標を再構成する明示的な三元写像を導出する。
共有GNPベースのDDI予測バックボーンを用いたDarmBank分子グラフでは、距離駆動のNyströmスキームが拡散幾何学を密接に回復し、ラプラシアンと距離エンコーディングの両方が非エンコードベースラインを大幅に上回る。
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