論文の概要: Protect$^*$: Steerable Retrosynthesis through Neuro-Symbolic State Encoding
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2602.13419v1
- Date: Fri, 13 Feb 2026 19:41:55 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-02-17 14:17:28.026438
- Title: Protect$^*$: Steerable Retrosynthesis through Neuro-Symbolic State Encoding
- Title(参考訳): Protect$^*$:Neuro-Symbolic State Encodingによるステアブル再合成
- Authors: Shreyas Vinaya Sathyanarayana, Shah Rahil Kirankumar, Sharanabasava D. Hiremath, Bharath Ramsundar,
- Abstract要約: 本稿では,Large Language Models (LLMs) の生成能力を厳格な化学論理に基礎を置く,ニューロシンボリックなフレームワークであるProtect$*$を紹介する。
我々のアプローチは、ルールベースの自動推論とニューラルモデルの生成を組み合わせる。
我々は,エリスロマイシンBの新規合成経路の発見を含む,複雑な天然物に関するケーススタディを通じて,このニューロシンボリックアプローチを実証する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Large Language Models (LLMs) have shown remarkable potential in scientific domains like retrosynthesis; yet, they often lack the fine-grained control necessary to navigate complex problem spaces without error. A critical challenge is directing an LLM to avoid specific, chemically sensitive sites on a molecule - a task where unconstrained generation can lead to invalid or undesirable synthetic pathways. In this work, we introduce Protect$^*$, a neuro-symbolic framework that grounds the generative capabilities of Large Language Models (LLMs) in rigorous chemical logic. Our approach combines automated rule-based reasoning - using a comprehensive database of 55+ SMARTS patterns and 40+ characterized protecting groups - with the generative intuition of neural models. The system operates via a hybrid architecture: an ``automatic mode'' where symbolic logic deterministically identifies and guards reactive sites, and a ``human-in-the-loop mode'' that integrates expert strategic constraints. Through ``active state tracking,'' we inject hard symbolic constraints into the neural inference process via a dedicated protection state linked to canonical atom maps. We demonstrate this neuro-symbolic approach through case studies on complex natural products, including the discovery of a novel synthetic pathway for Erythromycin B, showing that grounding neural generation in symbolic logic enables reliable, expert-level autonomy.
- Abstract(参考訳): 大規模言語モデル(LLM)は、レトロシンセシスのような科学領域において顕著な可能性を示しているが、複雑な問題空間を誤りなくナビゲートするために必要な細かい制御を欠いていることが多い。
重要な課題は、LLMに分子上の特定の化学的に敏感な部位を避けるよう指示することである。
本稿では, 大規模言語モデル(LLM)の生成能力を, 厳密な化学論理学の基盤とした, ニューロシンボリックなフレームワークであるProtect$^*$を紹介する。
このアプローチでは,55以上のSMARTSパターンと40以上の特徴を持つ保護グループからなる包括的なデータベースを,ニューラルネットワークの生成的直観と組み合わせて,ルールベースの推論を自動化する。
システムはハイブリッドアーキテクチャを介して動作する: ‘自動モード’: シンボリックロジックが決定論的にリアクティブサイトを特定してガードする‘自動モード’と、専門的な戦略的制約を統合する‘ヒューマン・イン・ザ・ループ・モード’。
能動状態追跡’を通じて、正準原子マップにリンクした専用の保護状態を通じて、神経推論プロセスにハードシンボリックな制約を注入する。
本研究は,Erythromycin Bの新規合成経路の発見など,複雑な天然物に関するケーススタディを通じて,このニューロシンボリックアプローチを実証する。
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