論文の概要: Systematic Evaluation of Single-Cell Foundation Model Interpretability Reveals Attention Captures Co-Expression Rather Than Unique Regulatory Signal

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2602.17532v1
• Date: Thu, 19 Feb 2026 16:43:12 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-02-20 15:21:29.217011
• Title: Systematic Evaluation of Single-Cell Foundation Model Interpretability Reveals Attention Captures Co-Expression Rather Than Unique Regulatory Signal
• Title（参考訳）: 単一セルモデル解釈可能性の体系的評価
• Authors: Ihor Kendiukhov,
• Abstract要約: 単一セル基礎モデルにおける機械的解釈可能性を評価するための枠組みを提案する。 このフレームワークを scGPT と Geneformer に適用すると、注意パターンが構造化された生体情報を層固有の組織にエンコードしていることが分かる。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: We present a systematic evaluation framework - thirty-seven analyses, 153 statistical tests, four cell types, two perturbation modalities - for assessing mechanistic interpretability in single-cell foundation models. Applying this framework to scGPT and Geneformer, we find that attention patterns encode structured biological information with layer-specific organisation - protein-protein interactions in early layers, transcriptional regulation in late layers - but this structure provides no incremental value for perturbation prediction: trivial gene-level baselines outperform both attention and correlation edges (AUROC 0.81-0.88 versus 0.70), pairwise edge scores add zero predictive contribution, and causal ablation of regulatory heads produces no degradation. These findings generalise from K562 to RPE1 cells; the attention-correlation relationship is context-dependent, but gene-level dominance is universal. Cell-State Stratified Interpretability (CSSI) addresses an attention-specific scaling failure, improving GRN recovery up to 1.85x. The framework establishes reusable quality-control standards for the field.
• Abstract（参考訳）: 本研究では, 単一セル基礎モデルにおける機械的解釈可能性を評価するための, 系統的評価フレームワークとして, 解析結果(30), 統計的検査153, 細胞タイプ4, 摂動モード2について述べる。 このフレームワークを scGPT と Geneformer に適用すると、アテンションパターンは、構造された生物学的情報を層固有の組織 - 初期層におけるタンパク質とタンパク質の相互作用、後期層における転写調節 - でエンコードしていることが分かるが、この構造は摂動予測にインクリメンタルな価値を与えていない: 自明な遺伝子レベルのベースラインは、注目と相関の双方のエッジ(AUROC 0.81-0.88 vs 0.70)より優れ、対角のエッジスコアは予測的寄与をゼロにし、規制ヘッドの因果的アブレーションは劣化しない。 これらの発見は、K562からRPE1細胞への一般化であり、注意相関関係は文脈依存性であるが、遺伝子レベルでの優位性は普遍的である。 Cell-State Stratified Interpretability (CSSI)は、注意固有のスケーリング障害に対処し、GRNのリカバリを1.85倍に改善する。 このフレームワークは、この分野における再利用可能な品質管理基準を確立する。

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