論文の概要: ScaleMAP: Preserving Local Density and Neighborhood Structure in Low-Dimensional Embeddings
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2605.30597v1
- Date: Thu, 28 May 2026 21:44:17 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-06-01 20:56:50.251845
- Title: ScaleMAP: Preserving Local Density and Neighborhood Structure in Low-Dimensional Embeddings
- Title(参考訳): スケールマップ:低次元埋め込みにおける局所密度と近傍構造を保存する
- Authors: Rajas Poorna, Marcus T. Cicerone,
- Abstract要約: DensMAPとPaCMAPはグラフ構築中の局所距離を適応的に正規化し、データから近隣スケールを消去する。
ScaleMAPは異なるアプローチをとる: それぞれのペアの埋め込み変位は、2つのエンドポイントの原空間局所半径の幾何学的平均によって分割される。
標準ベンチマークと、トランスクリプトークス、ハイパースペクトルイメージング、フローからの科学的データセット全体にわたって、ScaleMAPは、UMAPレベルの地区を維持しながら密度保存についてDensMAPと照合する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Nonlinear dimensionality-reduction methods such as UMAP and PaCMAP adaptively normalize local distances during graph construction, erasing neighborhood scale from the data. This distorts more than relative cluster sizes: sparse structures like bridges between transitioning cell types and narrow spectral spikes in hyperspectral images can be suppressed or lost entirely. DensMAP adds a density penalty to correct this, but this penalty competes with UMAP's attraction-repulsion forces, scattering points far from their neighborhoods. ScaleMAP takes a different approach: each pairwise embedding displacement is divided by the geometric mean of the two endpoints' original-space local radii, re-injecting scale information as a change of variables rather than as a competing objective. Across standard benchmarks and scientific datasets from transcriptomics, hyperspectral imaging, and flow cytometry, ScaleMAP matches DensMAP on density preservation while maintaining UMAP-level neighborhood preservation. In transcriptomic data, it recovers sparse bridges between cell populations that UMAP collapses; in flow cytometry, it faithfully represents density structure across 17 orders of magnitude. The same principle applied to PaCMAP yields consistently improved density preservation, suggesting the approach generalizes beyond UMAP.
- Abstract(参考訳): UMAPやPaCMAPのような非線形次元還元法は、グラフ構築中の局所距離を適応的に正規化し、そのデータから近傍スケールを消去する。
遷移する細胞タイプと、ハイパースペクトル画像における狭いスペクトルスパイクの間の橋梁のようなスパース構造は、完全に抑制または喪失することができる。
DensMAPはこれを修正するために密度のペナルティを追加するが、このペナルティはUMAPのアトラクション・反発力と競合する。
ScaleMAPは異なるアプローチをとる: 各ペアの埋め込み変位は、2つのエンドポイントの原空間局所半径の幾何学的平均によって分割され、スケール情報を競合する目的ではなく変数の変化として再注入する。
標準ベンチマークと、転写学、ハイパースペクトルイメージング、フローサイトメトリーからの科学的データセットの他、ScaleMAPは、UMAPレベルの地区保存を維持しながら密度保存についてDensMAPと照合する。
転写学的データでは、UMAPが崩壊する細胞間の疎断ブリッジを復元し、フローサイトメトリーでは17桁の密度構造を忠実に表現している。
PaCMAPに適用されるのと同じ原理は、密度保存を一貫して改善し、アプローチがUMAPを超えて一般化されることを示唆している。
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