論文の概要: A Physics-Flavored Transformer Network for Parametrizing Contraction Dynamics of Engineered Skeletal Muscle Tissues
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2608.03927v1
- Date: Tue, 04 Aug 2026 16:59:30 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-08-05 15:30:23.287793
- Title: A Physics-Flavored Transformer Network for Parametrizing Contraction Dynamics of Engineered Skeletal Muscle Tissues
- Title(参考訳): 工学的骨格筋組織のパラメトリゼーション収縮ダイナミクスのための物理自由度変換器ネットワーク
- Abstract要約: 本稿では,ESMの運動的表現型化を自動化する物理拡散ニューラルネットワーク(PFNN)を提案する。
提案アーキテクチャでは,拡張可能な物理モデルをCNN変換器に統合し,物理的に意味のあるパラメータの抽出を可能にする。
提案手法は, 種々の収縮性表現型および細胞株にまたがる高忠実度パラメータ化を実現する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Engineered Skeletal Muscle Tissues (ESMs) have become a key structure for biomedical disease modeling and pharmacological screening, yet their functional characterization often relies on simplistic metrics like peak force, discarding critical kinetic information. This is partially due to the high level of mathematical complexity which mechanistic models introduce to capture these dynamics. Hence, exactly the complexity prevents scalable application and widespread adaptation in the field. Here we present a Physics-Flavored Neural Network (PFNN) that automates the kinetic phenotyping of ESMs. Our architecture integrates a stretched-exponential physical model into a CNN-Transformer, enabling the extraction of physically meaningful parameters directly from force-time profiles. To address the scarcity of labeled biological data, we employ a hybrid training paradigm: the model develops a "physical intuition" on synthetic data before undergoing unsupervised self-alignment on unlabeled real-world measurements. Our results demonstrate that this physics-flavored approach achieves high-fidelity parameterization across diverse contractile phenotypes and cell lines, including Duchenne Muscular Dystrophy models. Our scalable, self-improving pipeline bridges the gap between idealized biophysics and noisy \emph{in vitro} data, providing a robust tool for high-throughput biophysical research.
- Abstract(参考訳): 工学的骨格筋組織(ESMs)は、医学的疾患のモデリングや薬理学的スクリーニングにおいて重要な構造となっているが、それらの機能的特徴は、しばしばピーク力のような単純な指標に依存し、重要な運動情報を捨てる。
これは部分的には、力学モデルがこれらの力学を捉えるために導入する高レベルの数学的複雑さによるものである。
したがって、その複雑さは、拡張性のあるアプリケーションや、現場で広く適応することを妨げる。
本稿では,ESMの運動的表現型化を自動化する物理拡散ニューラルネットワーク(PFNN)を提案する。
我々のアーキテクチャは、拡張された指数的物理モデルをCNN-Transformerに統合し、力時プロファイルから直接物理的に意味のあるパラメータを抽出することができる。
ラベル付き生体データの不足に対処するため,本モデルは,非ラベル付き実世界計測における教師なし自己調整を行う前に,合成データに対する「物理的直観」を発達させるハイブリッドトレーニングパラダイムを採用している。
本手法は,デュシェンヌ筋ジストロフィーモデルを含む各種収縮性表現型および細胞株間の高忠実度パラメータ化を実現することを示す。
当社のスケーラブルで自己改善的なパイプラインは、理想的な生物物理学とノイズのある<emph{in vitro}データのギャップを埋め、高スループットの生物物理学研究のための堅牢なツールを提供します。
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