論文の概要: Weisfeiler-Lehman Embedding for Molecular Graph Neural Networks
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2006.06909v2
- Date: Tue, 18 Aug 2020 03:12:46 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-11-22 02:32:22.352356
- Title: Weisfeiler-Lehman Embedding for Molecular Graph Neural Networks
- Title(参考訳): 分子グラフニューラルネットワークのためのWeisfeiler-Lehman埋め込み
- Authors: Katsuhiko Ishiguro and Kenta Oono and Kohei Hayashi
- Abstract要約: グラフニューラルネットワーク(GNN)は分子の化学的性質を予測するのに最適である。
本稿ではWeisfeiler-Lehman埋め込みを用いて原子表現を拡張する。
We show WL embeddedding can replaced the first two layer of ReLU GNN with a smaller weight norm。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 15.662820454886203
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: A graph neural network (GNN) is a good choice for predicting the chemical
properties of molecules. Compared with other deep networks, however, the
current performance of a GNN is limited owing to the "curse of depth." Inspired
by long-established feature engineering in the field of chemistry, we expanded
an atom representation using Weisfeiler-Lehman (WL) embedding, which is
designed to capture local atomic patterns dominating the chemical properties of
a molecule. In terms of representability, we show WL embedding can replace the
first two layers of ReLU GNN -- a normal embedding and a hidden GNN layer --
with a smaller weight norm. We then demonstrate that WL embedding consistently
improves the empirical performance over multiple GNN architectures and several
molecular graph datasets.
- Abstract(参考訳): グラフニューラルネットワーク(GNN)は分子の化学的性質を予測するのに最適である。
しかし、他のディープネットワークと比較して、GNNの現在の性能は「深さの計算」によって制限されている。
Wesfeiler-Lehman (WL) 埋め込みを用いて, 分子の化学的性質を規定する局所的な原子パターンを捉えた原子表現を拡張した。
表現可能性の観点から、wl埋め込みはrelu gnnの最初の2層 -- 正規埋め込みと隠れgnn層 -- をより小さなウェイトノルムに置き換えることができることを示した。
次に、WL埋め込みは、複数のGNNアーキテクチャと複数の分子グラフデータセットに対する経験的性能を一貫して改善することを示した。
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