論文の概要: Scaffold-constrained molecular generation

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2009.07778v3
• Date: Mon, 5 Oct 2020 10:50:26 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2022-10-18 06:32:31.330071
• Title: Scaffold-constrained molecular generation
• Title（参考訳）: 足場拘束型分子発生
• Authors: Maxime Langevin, Herve Minoux, Maximilien Levesque, Marc Bianciotto
• Abstract要約: SMILESをベースとしたリカレントニューラルネットワーク(Recurrent Neural Network, RNN)生成モデルを構築し, 足場制約付き生成を実現するため, サンプリング手法を改良した。 本稿では,様々なタスクにおいて足場制約付き生成を行う手法について紹介する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: One of the major applications of generative models for drug Discovery targets the lead-optimization phase. During the optimization of a lead series, it is common to have scaffold constraints imposed on the structure of the molecules designed. Without enforcing such constraints, the probability of generating molecules with the required scaffold is extremely low and hinders the practicality of generative models for de-novo drug design. To tackle this issue, we introduce a new algorithm to perform scaffold-constrained in-silico molecular design. We build on the well-known SMILES-based Recurrent Neural Network (RNN) generative model, with a modified sampling procedure to achieve scaffold-constrained generation. We directly benefit from the associated reinforcement Learning methods, allowing to design molecules optimized for different properties while exploring only the relevant chemical space. We showcase the method's ability to perform scaffold-constrained generation on various tasks: designing novel molecules around scaffolds extracted from SureChEMBL chemical series, generating novel active molecules on the Dopamine Receptor D2 (DRD2) target, and, finally, designing predicted actives on the MMP-12 series, an industrial lead-optimization project.
• Abstract（参考訳）: 創薬モデルの主要な応用の一つは鉛最適化フェーズである。 リード系列の最適化において、設計した分子の構造に足場制約が課されることが一般的である。 このような制約を課すことなく、必要な足場で分子を生成する確率は非常に低く、脱ノボ薬物設計のための生成モデルの実用性を妨げている。 そこで本研究では,足場拘束型インシリコ分子設計を行う新しいアルゴリズムを提案する。 SMILESをベースとしたリカレントニューラルネットワーク(Recurrent Neural Network, RNN)生成モデルを構築し, 足場制約付き生成を実現するため, サンプリング手法を改良した。 我々は、関連する化学空間のみを探索しながら、異なる性質に最適化された分子を設計できる強化学習法を直接的に活用する。 本研究は,サレシェムブル化学系から抽出された足場周辺の新規分子の設計,ドーパミン受容体d2(drd2)標的に新規活性分子の生成,そして工業的リード最適化プロジェクトであるmmp-12シリーズにおける予測活性分子の設計など,様々なタスクにおいて足場拘束型生成を行う方法を紹介する。

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