論文の概要: Identifying Stress Responsive Genes using Overlapping Communities in
Co-expression Networks
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2011.03526v2
- Date: Sat, 9 Apr 2022 17:22:53 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-10-04 00:29:14.383212
- Title: Identifying Stress Responsive Genes using Overlapping Communities in
Co-expression Networks
- Title（参考訳）: 重なり合う共表現ネットワークを用いたストレス応答遺伝子同定
- Authors: Camila Riccio, Jorge Finke, Camilo Rocha
- Abstract要約: 本論文は、植物の特定の治療に応答する遺伝子を同定するワークフローを提案する。
米(Oryza sativa)は、塩ストレスに敏感な主要な食品である。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
- Abstract: This paper proposes a workflow to identify genes that respond to specific
treatments in plants. The workflow takes as input the RNA sequencing read
counts and phenotypical data of different genotypes, measured under control and
treatment conditions. It outputs a reduced group of genes marked as relevant
for treatment response. Technically, the proposed approach is both a
generalization and an extension of WGCNA. It aims to identify specific modules
of overlapping communities underlying the co-expression network of genes.
Module detection is achieved by using Hierarchical Link Clustering. The
overlapping nature of the systems' regulatory domains that generate
co-expression can be identified by such modules. LASSO regression is employed
to analyze phenotypic responses of modules to treatment.
Results. The workflow is applied to rice (Oryza sativa), a major food source
known to be highly sensitive to salt stress. The workflow identifies 19 rice
genes that seem relevant in the response to salt stress. They are distributed
across 6 modules: 3 modules, each grouping together 3 genes, are associated to
shoot K content; 2 modules of 3 genes are associated to shoot biomass; and 1
module of 4 genes is associated to root biomass. These genes represent target
genes for the improvement of salinity tolerance in rice.
Conclusion. A more effective framework to reduce the search-space for target
genes that respond to a specific treatment is introduced. It facilitates
experimental validation by restraining efforts to a smaller subset of genes of
high potential relevance.
- Abstract（参考訳）: 本稿では,植物の特定の処理に応答する遺伝子を同定するワークフローを提案する。
このワークフローは、制御および治療条件下で測定された異なる遺伝子型のRNAシークエンシング読取数と表現型データを入力する。
治療反応に関連する遺伝子群を減少させる。
技術的には、提案手法はWGCNAの一般化と拡張である。
遺伝子の共同発現ネットワークの根底にある重複するコミュニティの特定のモジュールを特定することを目的としている。
モジュール検出は階層的リンククラスタリングによって実現される。
共表現を生成するシステムの規制ドメインの重なり合う性質は、そのようなモジュールによって識別できる。
ラッソ回帰は治療に対するモジュールの表現型応答を分析するために用いられる。
結果だ
このワークフローは、塩ストレスに敏感な主要な食品源である米(oryza sativa)に適用される。
このワークフローは、塩ストレスに応答する19のイネ遺伝子を識別する。
それらは6つのモジュールに分散し、それぞれ3つの遺伝子をまとめて3つのモジュールがK含有量に関連付けられ、3つの遺伝子の2つのモジュールがバイオマスに関連付けられ、4つの遺伝子の1つのモジュールがルートバイオマスに関連付けられている。
これらの遺伝子はイネの塩分耐性を改善するための標的遺伝子である。
結論だ
特定の治療に応答する標的遺伝子の探索空間を減らすためのより効果的な枠組みが導入された。
高関連性の遺伝子の小さなサブセットへの努力を抑えることで、実験的な検証を促進する。
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