論文の概要: Dataset on Bi- and Multi-Nucleated Tumor Cells in Canine Cutaneous Mast
Cell Tumors
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2101.01445v1
- Date: Tue, 5 Jan 2021 10:35:41 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2021-04-11 11:34:40.744641
- Title: Dataset on Bi- and Multi-Nucleated Tumor Cells in Canine Cutaneous Mast
Cell Tumors
- Title(参考訳): 犬皮膚腫瘍におけるbi-およびmulti-Nucleated tumor cellのデータセット
- Authors: Christof A. Bertram, Taryn A. Donovan, Marco Tecilla, Florian
Bartenschlager, Marco Fragoso, Frauke Wilm, Christian Marzahl, Katharina
Breininger, Andreas Maier, Robert Klopfleisch, Marc Aubreville
- Abstract要約: 2つの核(binucleated cell, BiNC)またはそれ以上の核(multinucleated cell, MuNC)を有する腫瘍細胞は、細胞遺伝物質の増加を示す。
BiNCの19,983点, MuNCの1,416点, ccMCTの32個の組織学的全スライド画像を用いた最初のオープンソースデータセットを作成した。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 4.572625467244193
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Tumor cells with two nuclei (binucleated cells, BiNC) or more nuclei
(multinucleated cells, MuNC) indicate an increased amount of cellular genetic
material which is thought to facilitate oncogenesis, tumor progression and
treatment resistance. In canine cutaneous mast cell tumors (ccMCT),
binucleation and multinucleation are parameters used in cytologic and
histologic grading schemes (respectively) which correlate with poor patient
outcome. For this study, we created the first open source data-set with 19,983
annotations of BiNC and 1,416 annotations of MuNC in 32 histological whole
slide images of ccMCT. Labels were created by a pathologist and an
algorithmic-aided labeling approach with expert review of each generated
candidate. A state-of-the-art deep learning-based model yielded an $F_1$ score
of 0.675 for BiNC and 0.623 for MuNC on 11 test whole slide images. In regions
of interest ($2.37 mm^2$) extracted from these test images, 6 pathologists had
an object detection performance between 0.270 - 0.526 for BiNC and 0.316 -
0.622 for MuNC, while our model archived an $F_1$ score of 0.667 for BiNC and
0.685 for MuNC. This open dataset can facilitate development of automated image
analysis for this task and may thereby help to promote standardization of this
facet of histologic tumor prognostication.
- Abstract(参考訳): 2つの核(biucleated cell, BiNC)以上の核(multinucleated cells, MuNC)を持つ腫瘍細胞は、腫瘍発生、腫瘍進展、治療抵抗性を促進すると考えられている細胞遺伝物質の増加を示す。
犬皮膚マスト細胞腫瘍 (ccMCT) では、二核化と多核化は、予後不良と相関する細胞学的および組織学的グレーディングスキームで用いられるパラメータである。
本研究では, BiNCの19,983点, MuNCの1,416点, ccMCTの32個の組織学的全スライド画像を用いた最初のオープンソースデータセットを構築した。
ラベルは病理学者とアルゴリズム支援ラベリングアプローチによって作成され、各候補の専門家によるレビューが行われた。
最先端のディープラーニングベースのモデルでは、BNCは0.675ドル、MNCは0.623ドル、全スライド画像は11点である。
これらの画像から抽出した関心領域(2.37 mm^2$)では,BiNCは0.270~0.526, MuNCは0.3160.622, MNCは0.667, MuNCは0.685であった。
このオープンデータセットは、このタスクの自動画像解析の開発を容易にし、組織学的腫瘍予後のこの側面の標準化を促進するのに役立つ。
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