論文の概要: Mimetic Neural Networks: A unified framework for Protein Design and
Folding
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2102.03881v1
- Date: Sun, 7 Feb 2021 18:53:52 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2021-02-09 15:48:19.675436
- Title: Mimetic Neural Networks: A unified framework for Protein Design and
Folding
- Title(参考訳): Mimetic Neural Networks: タンパク質設計と折り畳みのための統合フレームワーク
- Authors: Moshe Eliasof, Tue Boesen, Eldad Haber, Chen Keasar, Eran Treister
- Abstract要約: 我々は新しいグラフミメティックニューラルネットワークMimNetを導入し、タンデムの構造と設計の問題を解決する可逆的アーキテクチャを構築することができることを示す。
タンパク質の折り畳みに関する最近のアーキテクチャを考えると,タンパク質の集合を用いて,タンパク質設計における技術結果の状態を改善することができることを示す。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 10.210871872870735
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Recent advancements in machine learning techniques for protein folding
motivate better results in its inverse problem -- protein design. In this work
we introduce a new graph mimetic neural network, MimNet, and show that it is
possible to build a reversible architecture that solves the structure and
design problems in tandem, allowing to improve protein design when the
structure is better estimated. We use the ProteinNet data set and show that the
state of the art results in protein design can be improved, given recent
architectures for protein folding.
- Abstract(参考訳): タンパク質フォールディングのための機械学習技術の最近の進歩は、その逆問題であるタンパク質設計のより良い結果をもたらす。
本稿では,新しいグラフマイメティックニューラルネットワークであるmimnetを導入し,構造と設計問題をタンデムで解決する可逆的なアーキテクチャを構築することが可能であることを示し,構造がより良く見積もられた場合のタンパク質設計の改善を可能にする。
タンパク質の折りたたみ構造を考えると,我々はproteinnetデータセットを用いて,タンパク質設計における技術結果が改善可能であることを示す。
関連論文リスト
- A Text-guided Protein Design Framework [78.99282109652205]
ProteinDTは、タンパク質設計のためのテキスト記述を利用するマルチモーダルフレームワークである。
筆者らは,(1)タンパク質特性予測ベンチマークの6つ中4つにおいて連続的に優れた性能を示すこと,(2)テキスト誘導タンパク質生成の90%以上の精度を示すこと,(3)ゼロショットテキスト誘導タンパク質編集の有望な結果を示すこと,の3つの側面から,ProteinDTの有効性を実証的に検証した。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-02-09T12:59:16Z) - Structure-informed Language Models Are Protein Designers [69.70134899296912]
配列ベースタンパク質言語モデル(pLM)の汎用的手法であるLM-Designを提案する。
pLMに軽量な構造アダプターを埋め込んだ構造手術を行い,構造意識を付加した構造手術を行った。
実験の結果,我々の手法は最先端の手法よりも大きなマージンで優れていることがわかった。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-02-03T10:49:52Z) - Generating Novel, Designable, and Diverse Protein Structures by
Equivariantly Diffusing Oriented Residue Clouds [0.0]
構造に基づくタンパク質設計は、設計可能で、新規で多様な構造を見つけることを目的としている。
生成モデルは、複雑なデータの低次元構造を暗黙的に学習することで、魅力的な代替手段を提供する。
我々は,3次元空間における配向参照フレームの雲を用いて離散時間拡散を行うタンパク質構造の生成モデルであるGenieを開発する。
論文 参考訳(メタデータ) (2023-01-29T16:44:19Z) - Learning the shape of protein micro-environments with a holographic
convolutional neural network [0.0]
本稿では,タンパク質のホログラフィック畳み込みニューラルネットワーク(H-CNN)を紹介する。
H-CNNは、タンパク質構造におけるアミノ酸の嗜好をモデル化するための、物理的に動機付けられた機械学習アプローチである。
タンパク質複合体の安定性や結合を含むタンパク質機能に対する突然変異の影響を正確に予測する。
論文 参考訳(メタデータ) (2022-11-05T16:29:15Z) - Contrastive Representation Learning for 3D Protein Structures [13.581113136149469]
本稿では3次元タンパク質構造のための新しい表現学習フレームワークを提案する。
我々のフレームワークは、教師なしのコントラスト学習を用いて、タンパク質構造の意味のある表現を学習する。
これらの表現は、タンパク質機能予測、タンパク質の折りたたみ分類、構造的類似性予測、タンパク質-リガンド結合親和性予測など、様々なタスクを解くためにどのように使用できるかを示す。
論文 参考訳(メタデータ) (2022-05-31T10:33:06Z) - Learning Geometrically Disentangled Representations of Protein Folding
Simulations [72.03095377508856]
この研究は、薬物標的タンパク質の構造的アンサンブルに基づいて生成ニューラルネットワークを学習することに焦点を当てている。
モデル課題は、様々な薬物分子に結合したタンパク質の構造的変動を特徴付けることである。
その結果,我々の幾何学的学習に基づく手法は,複雑な構造変化を生成するための精度と効率の両方を享受できることがわかった。
論文 参考訳(メタデータ) (2022-05-20T19:38:00Z) - Structure-aware Protein Self-supervised Learning [50.04673179816619]
本稿では,タンパク質の構造情報を取得するための構造認識型タンパク質自己教師学習法を提案する。
特に、タンパク質構造情報を保存するために、よく設計されたグラフニューラルネットワーク(GNN)モデルを事前訓練する。
タンパク質言語モデルにおける逐次情報と特別に設計されたGNNモデルにおける構造情報との関係を,新しい擬似二段階最適化手法を用いて同定する。
論文 参考訳(メタデータ) (2022-04-06T02:18:41Z) - Deep Generative Modeling for Protein Design [0.0]
ディープラーニングアプローチは、画像分類や自然言語処理などの分野で画期的な成果を上げている。
タンパク質の遺伝子モデルが開発され、既知のタンパク質配列を全て含む、特定のタンパク質ファミリーをモデル化する、または個々のタンパク質のダイナミクスを外挿する。
本稿では、タンパク質のモデリングに最も成功した5種類の生成モデルについて論じ、ガイドされたタンパク質設計のためのフレームワークを提供する。
論文 参考訳(メタデータ) (2021-08-31T14:38:26Z) - EBM-Fold: Fully-Differentiable Protein Folding Powered by Energy-based
Models [53.17320541056843]
本研究では,データ駆動型生成ネットワークを用いたタンパク質構造最適化手法を提案する。
EBM-Foldアプローチは,従来のロゼッタ構造最適化ルーチンと比較して,高品質なデコイを効率よく生成できる。
論文 参考訳(メタデータ) (2021-05-11T03:40:29Z) - Transfer Learning for Protein Structure Classification at Low Resolution [124.5573289131546]
タンパク質のクラスとアーキテクチャの正確な(geq$80%)予測を、低い(leq$3A)解像度で決定された構造から行うことができることを示す。
本稿では, 高速で低コストなタンパク質構造を低解像度で分類するための概念実証と, 機能予測への拡張の基礎を提供する。
論文 参考訳(メタデータ) (2020-08-11T15:01:32Z)
関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。
指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト(すべての情報・翻訳含む)の品質を保証せず、本サイト(すべての情報・翻訳含む)を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。