論文の概要: Convolutional Neural Network Denoising in Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy (FLIM)

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2103.05448v1
• Date: Sun, 7 Mar 2021 03:27:44 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2021-03-11 08:43:08.736203
• Title: Convolutional Neural Network Denoising in Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy (FLIM)
• Title（参考訳）: 蛍光ライフタイムイメージング顕微鏡(FLIM)における畳み込みニューラルネットワーク
• Authors: Varun Mannam, Yide Zhang, Xiaotong Yuan, Takashi Hato, Pierre C. Dagher, Evan L. Nichols, Cody J. Smith, Kenneth W. Dunn, and Scott Howard
• Abstract要約: 蛍光寿命イメージング顕微鏡(FLIM)システムは、その遅い処理速度、低信号対雑音比(SNR)、および高価で困難なハードウェアセットアップによって制限されています。 そこで本研究では,FLIM SNRを改善するために畳み込み畳み込みネットワークを適用した。 ネットワークは、アナログ信号処理に基づく高速なデータ取得、高効率パルス変調を用いた高SNR、オフザシェルフ無線周波数成分を用いたコスト効率実装を備えたインスタントFLIMシステムと統合される。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 16.558653673949838
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Fluorescence lifetime imaging microscopy (FLIM) systems are limited by their slow processing speed, low signal-to-noise ratio (SNR), and expensive and challenging hardware setups. In this work, we demonstrate applying a denoising convolutional network to improve FLIM SNR. The network will be integrated with an instant FLIM system with fast data acquisition based on analog signal processing, high SNR using high-efficiency pulse-modulation, and cost-effective implementation utilizing off-the-shelf radio-frequency components. Our instant FLIM system simultaneously provides the intensity, lifetime, and phasor plots \textit{in vivo} and \textit{ex vivo}. By integrating image denoising using the trained deep learning model on the FLIM data, provide accurate FLIM phasor measurements are obtained. The enhanced phasor is then passed through the K-means clustering segmentation method, an unbiased and unsupervised machine learning technique to separate different fluorophores accurately. Our experimental \textit{in vivo} mouse kidney results indicate that introducing the deep learning image denoising model before the segmentation effectively removes the noise in the phasor compared to existing methods and provides clearer segments. Hence, the proposed deep learning-based workflow provides fast and accurate automatic segmentation of fluorescence images using instant FLIM. The denoising operation is effective for the segmentation if the FLIM measurements are noisy. The clustering can effectively enhance the detection of biological structures of interest in biomedical imaging applications.
• Abstract（参考訳）: 蛍光寿命イメージング顕微鏡(FLIM)システムは、その遅い処理速度、低信号対雑音比(SNR)、および高価で困難なハードウェアセットアップによって制限されています。 そこで本研究では,FLIM SNRを改善するために畳み込み畳み込みネットワークを適用した。 ネットワークは、アナログ信号処理に基づく高速なデータ取得、高効率パルス変調を用いた高SNR、オフザシェルフ無線周波数成分を用いたコスト効率実装を備えたインスタントFLIMシステムと統合される。 我々のインスタントFLIMシステムは同時に、強度、寿命、薬理プロット \textit{in vivo} と \textit{ex vivo} を提供する。 FLIMデータに訓練されたディープラーニングモデルを用いて画像の復調を統合することにより、正確なFLIMファサー計測が得られる。 K平均クラスタリングセグメンテーション(K-means clustering segmentation)法は、異なる蛍光体を正確に分離する、偏見のない教師なしの機械学習技術である。 マウスの腎臓実験では, セグメント化前に深層学習画像の認知モデルを導入することで, 既存の方法と比較して, ファーザーのノイズを効果的に除去し, より明瞭なセグメントを提供することが示された。 そこで,提案する深層学習に基づくワークフローは,インスタントflimを用いた蛍光画像の自動セグメンテーションを高速かつ高精度に実現する。 FLIM測定がノイズの多い場合, 除音操作はセグメンテーションに有効である。 クラスタリングは、バイオメディカルイメージングアプリケーションに関心のある生物学的構造の検出を効果的に強化できます。

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