論文の概要: Reworking geometric morphometrics into a methodology of transformation grids

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2301.05623v1
• Date: Fri, 13 Jan 2023 15:47:02 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-01-16 14:52:35.738086
• Title: Reworking geometric morphometrics into a methodology of transformation grids
• Title（参考訳）: 幾何学的形態計測を変換格子の方法論に再構築する
• Authors: Fred L. Bookstein
• Abstract要約: スケール・スタンダード化のステップは、少なくとも成長研究には不適切であるとして最近批判されている。 2点の選択は、他の非プロクリスト的関心事と相互作用し、適合した傾向に応じて変形した座標系の格子線の解釈可能性である。 結論として、幾何学的形態学の現在のツールキットは進化生物学や発達生物学の解釈目的の多くに適合するにはあまりに制限されていることが示唆されている。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Today's typical application of geometric morphometrics to a quantitative comparison of organismal anatomies begins by standardizing samples of homologously labelled point configurations for location, orientation, and scale, and then renders the ensuing comparisons graphically by thin-plate spline as applied to group averages, principal components, regression predictions, or canonical variates. The scale-standardization step has recently come under criticism as inappropriate, at least for growth studies. This essay argues for a similar rethinking of the centering and rotation, and then the replacement of the thin-plate spline interpolant of the resulting configurations by a different strategy that leaves unexplained residuals at every landmark individually in order to simplify the interpretation of the displayed grid as a whole, the "transformation grid" that has been highlighted as the true underlying topic ever since D'Arcy Thompson's exposition of 1917. For analyses of comparisons involving gradients at large geometric scale, this paper argues for replacement of all the Procrustes conventions by a version of my two-point registration of 1986 (originally Francis Galton's of 1907). The choice of the two points interacts with another non-Procrustes concern, interpretability of the grid lines of a coordinate system deformed according to a fitted polynomial trend rather than an interpolating thin-plate spline. The paper works two examples using previously published cranial data; there result new findings pertinent to the interpretation of both of these classic data sets. A concluding discussion suggests that the current toolkit of geometric morphometrics, centered on Procrustes shape coordinates and thin-plate splines, is too restricted to suit many of the interpretive purposes of evolutionary and developmental biology.
• Abstract（参考訳）: 今日、生物解剖学の定量的比較に対する幾何学的形態計測の典型的な応用は、位置、向き、スケールについて均質にラベル付けされた点配置のサンプルを標準化することから始まり、その後、群平均、主成分、回帰予測、または標準変量に適用される薄板のスプラインでグラフィカルに比較を図示する。 スケール標準化の段階は最近、少なくとも成長研究では不適切であると批判されている。 このエッセイは、中心と回転の同様の再考、そして1917年のダルシー・トンプソンの展覧会以来の真の主題として強調された「変換格子」を、表示されたグリッド全体の解釈を単純化するために、個々のランドマークに説明のつかない残差を残す異なる戦略によって、結果として得られる構成の薄いスプライン補間を置き換えることについて論じている。 大規模な幾何スケールでの勾配に関する比較を解析するために、この論文は1986年の2点登録版(元々は1907年のフランシス・ガルトン)でプロクリストス規則を置き換えた。 2つの点の選択は、補間された薄板スプラインではなく、適合した多項式の傾向に従って変形する座標系の格子線の解釈可能性という他の非プロクリスト的懸念と相互作用する。 本論文は, これまでに公表された頭蓋骨データを用いて2つの例を考察し, 両者の解釈に関連のある新たな知見を得た。 結論として、プロクラステス形状座標と薄板のスプラインを中心にした幾何学的形態幾何学の現在のツールキットは、進化生物学や発達生物学の解釈的な目的の多くに適合しすぎていることが示唆されている。

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