論文の概要: Enhancing Phenotype Recognition in Clinical Notes Using Large Language Models: PhenoBCBERT and PhenoGPT

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2308.06294v2
• Date: Thu, 9 Nov 2023 15:18:38 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-11-10 18:01:09.399274
• Title: Enhancing Phenotype Recognition in Clinical Notes Using Large Language Models: PhenoBCBERT and PhenoGPT
• Title（参考訳）: 大型言語モデルを用いた臨床ノートにおける表現型認識の強化: phenobcbert と phenogpt
• Authors: Jingye Yang, Cong Liu, Wendy Deng, Da Wu, Chunhua Weng, Yunyun Zhou, Kai Wang
• Abstract要約: 我々は,BERTモデルであるPhenoBCBERTとGPTモデルであるPhenoGPTの2種類のモデルを開発した。 我々は,HPOを特徴としない新規な表現型概念を含む,より表現型的な概念を抽出できることを発見した。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 11.20254354103518
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
• Abstract: We hypothesize that large language models (LLMs) based on the transformer architecture can enable automated detection of clinical phenotype terms, including terms not documented in the HPO. In this study, we developed two types of models: PhenoBCBERT, a BERT-based model, utilizing Bio+Clinical BERT as its pre-trained model, and PhenoGPT, a GPT-based model that can be initialized from diverse GPT models, including open-source versions such as GPT-J, Falcon, and LLaMA, as well as closed-source versions such as GPT-3 and GPT-3.5. We compared our methods with PhenoTagger, a recently developed HPO recognition tool that combines rule-based and deep learning methods. We found that our methods can extract more phenotype concepts, including novel ones not characterized by HPO. We also performed case studies on biomedical literature to illustrate how new phenotype information can be recognized and extracted. We compared current BERT-based versus GPT-based models for phenotype tagging, in multiple aspects including model architecture, memory usage, speed, accuracy, and privacy protection. We also discussed the addition of a negation step and an HPO normalization layer to the transformer models for improved HPO term tagging. In conclusion, PhenoBCBERT and PhenoGPT enable the automated discovery of phenotype terms from clinical notes and biomedical literature, facilitating automated downstream tasks to derive new biological insights on human diseases.
• Abstract（参考訳）: トランスフォーマーアーキテクチャに基づく大規模言語モデル(llms)は,hpoに記録されていない用語を含む臨床表現型の自動検出を可能にすると仮定した。 本研究では,PhenoBCBERT,Bio+Clinical BERTを事前学習モデルとして活用したBERTベースモデル,PhenoGPT,GPT-J,Falcon,LLaMAなどのオープンソースバージョン,GPT-3,GPT-3.5などのオープンソースバージョンを含む多様なGPTモデルから初期化可能なGPTベースモデルを開発した。 我々は,ルールベースとディープラーニングを組み合わせたHPO認識ツールであるPhenoTaggerとの比較を行った。 我々はHPOを特徴としない新しい概念を含む表現型概念を抽出できることを発見した。 また,新しい表現型情報を認識し,抽出する方法を説明するために,生物医学文献のケーススタディも行った。 モデルアーキテクチャ,メモリ使用量,速度,精度,プライバシ保護など,さまざまな面で,現在のbertベースとgptベースの表現型タグモデルを比較した。 また,hpoターゲティングの改善のために,トランスフォーマーモデルにネゲーションステップとhpo正規化層を追加することも検討した。 結論として、phenobcbert と phenogpt は臨床ノートや生物医学文献から表現型用語の自動発見を可能にし、ヒトの疾患に対する新しい生物学的洞察を導出するための下流のタスクの自動化を容易にする。

関連論文リスト

• A Large Language Model Outperforms Other Computational Approaches to the High-Throughput Phenotyping of Physician Notes [0.0]
  本研究では,3つの計算手法を高スループット表現型化と比較する。 生成AIを取り入れたLarge Language Model(LLM)、深層学習を利用した自然言語処理(NLP)アプローチ、単語ベクトルと機械学習を組み合わせたハイブリッドアプローチ。 GPT-4(Large Language Model)を実装するアプローチは優れた性能を示した。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-06-20T22:05:34Z)
• Optimal path for Biomedical Text Summarization Using Pointer GPT [21.919661430250798]
  GPTモデルは、事実の誤りを発生させ、文脈を欠き、言葉を単純化する傾向にある。 これらの制約に対処するため、GPTモデルの注意機構をポインタネットワークに置き換えた。 ROUGEスコアを用いてポインター-GPTモデルの有効性を評価した。
  論文  参考訳（メタデータ） (2024-03-22T02:13:23Z)
• Diversifying Knowledge Enhancement of Biomedical Language Models using Adapter Modules and Knowledge Graphs [54.223394825528665]
  我々は、軽量なアダプターモジュールを用いて、構造化された生体医学的知識を事前訓練された言語モデルに注入するアプローチを開発した。 バイオメディカル知識システムUMLSと新しいバイオケミカルOntoChemの2つの大きなKGと、PubMedBERTとBioLinkBERTの2つの著名なバイオメディカルPLMを使用している。 計算能力の要件を低く保ちながら,本手法がいくつかの事例において性能改善につながることを示す。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-12-21T14:26:57Z)
• An evaluation of GPT models for phenotype concept recognition [0.4715973318447338]
  臨床表現型および表現型アノテーションのためのGPT(Generative Pre-trained Transformer)モデルの性能について検討した。 その結果、適切な設定で、これらのモデルが芸術的パフォーマンスの状態を達成できることが示されている。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-09-29T12:06:55Z)
• A statistical framework for GWAS of high dimensional phenotypes using summary statistics, with application to metabolite GWAS [1.6058099298620425]
  我々は、高次元表現型のGWASにおけるベイズ推論を実行するための新しいモデル、理論的枠組み、および一連の手法を開発する。 GWASの代謝に応用することで,本手法の有用性を実証する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-03-17T19:33:25Z)
• Unsupervised ensemble-based phenotyping helps enhance the discoverability of genes related to heart morphology [57.25098075813054]
  我々はUn Phenotype Ensemblesという名の遺伝子発見のための新しいフレームワークを提案する。 教師なしの方法で学習された表現型のセットをプールすることで、冗長だが非常に表現性の高い表現を構築する。 これらの表現型は、(GWAS)を介して分析され、高い自信と安定した関連のみを保持する。
  論文  参考訳（メタデータ） (2023-01-07T18:36:44Z)
• Fine-Tuning Large Neural Language Models for Biomedical Natural Language Processing [55.52858954615655]
  バイオメディカルNLPの微調整安定性に関する系統的研究を行った。 我々は、特に低リソース領域において、微調整性能は事前トレーニング設定に敏感であることを示した。 これらの技術は低リソースバイオメディカルNLPアプリケーションの微調整性能を大幅に向上させることができることを示す。
  論文  参考訳（メタデータ） (2021-12-15T04:20:35Z)
• Hybrid deep learning methods for phenotype prediction from clinical notes [4.866431869728018]
  本稿では,自然言語処理とディープラーニングモデルを用いて,患者表現型を自動的に抽出するハイブリッドモデルを提案する。 提案したハイブリッドモデルは,患者の退院報告における表現型を特定するために,ニューラル双方向シーケンスモデル(BiLSTMまたはBiGRU)と畳み込みニューラルネットワーク(CNN)に基づいている。
  論文  参考訳（メタデータ） (2021-08-16T05:57:28Z)
• A multi-stage machine learning model on diagnosis of esophageal manometry [50.591267188664666]
  このフレームワークには、飲み込みレベルにおけるディープラーニングモデルと、学習レベルにおける機能ベースの機械学習モデルが含まれている。 これは、生のマルチスワローデータからHRM研究のCC診断を自動的に予測する最初の人工知能モデルである。
  論文  参考訳（メタデータ） (2021-06-25T20:09:23Z)
• Scientific Language Models for Biomedical Knowledge Base Completion: An Empirical Study [62.376800537374024]
  我々は,KG の完成に向けた科学的 LM の研究を行い,生物医学的リンク予測を強化するために,その潜在知識を活用できるかどうかを探る。 LMモデルとKG埋め込みモデルを統合し,各入力例をいずれかのモデルに割り当てることを学ぶルータ法を用いて,性能を大幅に向上させる。
  論文  参考訳（メタデータ） (2021-06-17T17:55:33Z)
• Energy-based View of Retrosynthesis [70.66156081030766]
  エネルギーモデルとしてシーケンスおよびグラフベースの手法を統一するフレームワークを提案する。 本稿では,ベイズ前方および後方予測に対して一貫した訓練を行うフレームワーク内での新しい二重変種を提案する。 このモデルは、反応型が不明なテンプレートフリーアプローチに対して、最先端の性能を9.6%向上させる。
  論文  参考訳（メタデータ） (2020-07-14T18:51:06Z)

関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。

指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト（すべての情報・翻訳含む）の品質を保証せず、本サイト（すべての情報・翻訳含む）を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。