論文の概要: Compositional Representation Learning for Brain Tumour Segmentation
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2310.06562v1
- Date: Tue, 10 Oct 2023 12:19:39 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-10-11 15:38:20.466333
- Title: Compositional Representation Learning for Brain Tumour Segmentation
- Title(参考訳): 脳腫瘍セグメンテーションのための構成表現学習
- Authors: Xiao Liu, Antanas Kascenas, Hannah Watson, Sotirios A. Tsaftaris and
Alison Q. O'Neil
- Abstract要約: ディープラーニングモデルは、大量のデータとピクセルレベルのアノテーションによって、人間の専門家レベルのパフォーマンスを達成することができる。
我々は、教師なし学習と弱監督を用いて堅牢な表現を学ぶために、混合監視フレームワークvMFNetを適用した。
弱いラベル付きデータを少量の完全アノテートデータのみに限定して, 良好な腫瘍セグメンテーション性能が得られることを示す。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 13.5112749699868
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: For brain tumour segmentation, deep learning models can achieve human
expert-level performance given a large amount of data and pixel-level
annotations. However, the expensive exercise of obtaining pixel-level
annotations for large amounts of data is not always feasible, and performance
is often heavily reduced in a low-annotated data regime. To tackle this
challenge, we adapt a mixed supervision framework, vMFNet, to learn robust
compositional representations using unsupervised learning and weak supervision
alongside non-exhaustive pixel-level pathology labels. In particular, we use
the BraTS dataset to simulate a collection of 2-point expert pathology
annotations indicating the top and bottom slice of the tumour (or tumour
sub-regions: peritumoural edema, GD-enhancing tumour, and the necrotic /
non-enhancing tumour) in each MRI volume, from which weak image-level labels
that indicate the presence or absence of the tumour (or the tumour sub-regions)
in the image are constructed. Then, vMFNet models the encoded image features
with von-Mises-Fisher (vMF) distributions, via learnable and compositional vMF
kernels which capture information about structures in the images. We show that
good tumour segmentation performance can be achieved with a large amount of
weakly labelled data but only a small amount of fully-annotated data.
Interestingly, emergent learning of anatomical structures occurs in the
compositional representation even given only supervision relating to pathology
(tumour).
- Abstract(参考訳): 脳腫瘍のセグメンテーションでは、ディープラーニングモデルは大量のデータとピクセルレベルのアノテーションによって、人間のエキスパートレベルのパフォーマンスを達成することができる。
しかしながら、大量のデータに対してピクセルレベルのアノテーションを取得するという高価な作業は、必ずしも実現可能とは限らない。
この課題に取り組むため,我々は,非教師なし学習と弱い監督を用いてロバストな構成表現を学ぶために,混合監督フレームワークvmfnetを適応させた。
特に,画像中の腫瘍(または腫瘍亜領域)の有無を示す弱い画像レベルラベルが構築されるmriボリューム内の腫瘍(または腫瘍亜領域:peritumoural edema,gd-enhancing tumour,およびネクロティック/非enhancing tumour)の上下スライスを示す2点の専門家病理アノテーションのコレクションをブラッツデータセットを用いてシミュレートする。
次に、vMFNetは、画像の構造に関する情報をキャプチャする学習可能および構成可能なvMFカーネルを介して、von-Mises-Fisher(vMF)分布で符号化された画像特徴をモデル化する。
弱いラベル付きデータを少量の完全アノテートデータのみに限定して, 良好な腫瘍セグメンテーション性能が得られることを示す。
興味深いことに、解剖学的構造の創発的な学習は、病理学(腫瘍)に関してのみ監督されたとしても、構成的表現に現れる。
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