論文の概要: Amide Proton Transfer (APT) imaging in tumor with a machine learning
approach using partially synthetic data
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2311.01683v1
- Date: Fri, 3 Nov 2023 03:12:21 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-11-06 15:24:49.279069
- Title: Amide Proton Transfer (APT) imaging in tumor with a machine learning
approach using partially synthetic data
- Title(参考訳): 部分合成データを用いた機械学習による腫瘍のAmide Proton Transfer(APT)イメージング
- Authors: Malvika Viswanathan, Leqi Yin, Yashwant Kurmi, Zhongliang Zu
- Abstract要約: 本研究では、シミュレーションと測定成分を組み合わせて、部分的に合成化学交換飽和移動(CEST)データを生成する新しいプラットフォームを提案する。
MLモデルは一般的に、測定データまたは完全にシミュレートされたデータを使用して訓練される。
組織ミミキングデータを用いた実験では、部分合成データを用いたML法がAPT予測に正確であることが示唆された。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 2.355460994057843
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Machine learning (ML) has been increasingly used to quantify chemical
exchange saturation transfer (CEST) effect. ML models are typically trained
using either measured data or fully simulated data. However, training with
measured data often lacks sufficient training data, while training with fully
simulated data may introduce bias due to limited simulations pools. This study
introduces a new platform that combines simulated and measured components to
generate partially synthetic CEST data, and to evaluate its feasibility for
training ML models to predict amide proton transfer (APT) effect. Partially
synthetic CEST signals were created using an inverse summation of APT effects
from simulations and the other components from measurements. Training data were
generated by varying APT simulation parameters and applying scaling factors to
adjust the measured components, achieving a balance between simulation
flexibility and fidelity. First, tissue-mimicking CEST signals along with
ground truth information were created using multiple-pool model simulations to
validate this method. Second, an ML model was trained individually on partially
synthetic data, in vivo data, and fully simulated data, to predict APT effect
in rat brains bearing 9L tumors. Experiments on tissue-mimicking data suggest
that the ML method using the partially synthetic data is accurate in predicting
APT. In vivo experiments suggest that our method provides more accurate and
robust prediction than the training using in vivo data and fully synthetic
data. Partially synthetic CEST data can address the challenges in conventional
ML methods.
- Abstract(参考訳): 機械学習(ML)は、化学交換飽和移動(CEST)効果の定量化にますます利用されている。
mlモデルは通常、測定データまたは完全なシミュレーションデータを使用して訓練される。
しかしながら、測定データによるトレーニングには十分なトレーニングデータがない場合が多いが、完全にシミュレートされたデータによるトレーニングは、限られたシミュレーションプールによるバイアスをもたらす可能性がある。
本研究は,シミュレーションと測定を組み合わせることで部分合成cestデータを生成し,アミドプロトン移動(apt)効果を予測するためのmlモデルのトレーニングの可能性を評価するための新しいプラットフォームを提案する。
部分合成CEST信号は, シミュレーションと他の成分によるAPT効果の逆和を用いて生成した。
シミュレーションの柔軟性と忠実さのバランスを保ちながら,様々なAPTシミュレーションパラメータとスケーリング係数を用いて測定成分を調整し,トレーニングデータを生成した。
まず, マルチプールモデルシミュレーションを用いて組織模倣CEST信号と地中真実情報を作成し, 評価を行った。
第2に、MLモデルは、部分合成データ、生体内データ、および完全にシミュレートされたデータに基づいて個別に訓練され、9L腫瘍を有するラット脳におけるAPT効果を予測する。
組織ミミキングデータを用いた実験では、部分合成データを用いたML法がAPT予測に正確であることが示唆された。
In vivo実験により,本手法は生体データと完全合成データを用いたトレーニングよりも正確で堅牢な予測を提供することが示された。
部分的に合成されたCESTデータは、従来のML手法の課題に対処することができる。
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