論文の概要: Incorporating temporal dynamics of mutations to enhance the prediction
capability of antiretroviral therapy's outcome for HIV-1
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2311.04846v1
- Date: Wed, 8 Nov 2023 17:29:41 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-11-09 14:59:11.325755
- Title: Incorporating temporal dynamics of mutations to enhance the prediction
capability of antiretroviral therapy's outcome for HIV-1
- Title（参考訳）: HIV-1に対する抗レトロウイルス療法の結果の予測能力を高める変異の時間的ダイナミクスの導入
- Authors: Giulia Di Teodoro, Martin Pirkl, Francesca Incardona, Ilaria Vicenti,
Anders S\"onnerborg, Rolf Kaiser, Laura Palagi, Maurizio Zazzi, Thomas
Lengauer
- Abstract要約: 歴史を包含するモデル(H)とそれを使用しないモデル(NH)を比較する。
重要なウィルコクソン試験の結果は、歴史的情報を組み込むことで、治療結果の予測精度が一貫して向上することを確認した。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.5452757751839494
- License: http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/
- Abstract: Motivation: In predicting HIV therapy outcomes, a critical clinical question
is whether using historical information can enhance predictive capabilities
compared with current or latest available data analysis. This study analyses
whether historical knowledge, which includes viral mutations detected in all
genotypic tests before therapy, their temporal occurrence, and concomitant
viral load measurements, can bring improvements. We introduce a method to weigh
mutations, considering the previously enumerated factors and the reference
mutation-drug Stanford resistance tables. We compare a model encompassing
history (H) with one not using it (NH). Results: The H-model demonstrates
superior discriminative ability, with a higher ROC-AUC score (76.34%) than the
NH-model (74.98%). Significant Wilcoxon test results confirm that incorporating
historical information improves consistently predictive accuracy for treatment
outcomes. The better performance of the H-model might be attributed to its
consideration of latent HIV reservoirs, probably obtained when leveraging
historical information. The findings emphasize the importance of temporal
dynamics in mutations, offering insights into HIV infection complexities.
However, our result also shows that prediction accuracy remains relatively high
even when no historical information is available. Supplementary information:
Supplementary material is available.
- Abstract（参考訳）: 動機: HIV治療結果の予測において、歴史的情報を用いることで、現在または最新のデータ分析と比較して予測能力を高めることができるかどうかが重要な臨床問題である。
本研究は、治療前の全ての遺伝子型検査で検出されたウイルス変異、その時間的発生、および同伴するウイルス負荷測定を含む歴史的知識が改善をもたらすかどうかを考察する。
本稿では,予め列挙された因子と基準突然変異量を考慮した突然変異量測定法を提案する。
歴史を包含するモデル(H)とそれを使用しないモデル(NH)を比較した。
結果: H-モデルは、NH-モデル(74.98%)よりも高いROC-AUCスコア(76.34%)で優れた識別能力を示す。
有意なウィルコクソン試験の結果は、歴史的情報を組み込むことで治療結果の一貫した予測精度が向上することを確認した。
h-モデルの性能向上は、おそらく歴史情報を活用する際に得られる潜在性hiv貯水池の考慮による可能性がある。
この発見は、変異における時間的ダイナミクスの重要性を強調し、HIV感染の複雑さに関する洞察を提供する。
しかし,過去の情報がない場合でも,予測精度は比較的高いままであることを示す。
補助情報:補助資料が利用可能。
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