論文の概要: Tissue Artifact Segmentation and Severity Analysis for Automated
Diagnosis Using Whole Slide Images
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2401.01386v1
- Date: Mon, 1 Jan 2024 19:58:36 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-01-04 15:56:41.452892
- Title: Tissue Artifact Segmentation and Severity Analysis for Automated
Diagnosis Using Whole Slide Images
- Title（参考訳）: 全スライド画像を用いた組織アーチファクト分割と重症度の自動診断
- Authors: Galib Muhammad Shahriar Himel
- Abstract要約: 本稿では,畳み込みニューラルネットワークを用いたアーティファクト検出に重大度評価を取り入れたシステムを提案する。
提案システムはDoubleUNetを用いてアーティファクトを分割し、6つの微調整された畳み込みニューラルネットワークモデルのアンサンブルネットワークを用いて重大性を決定する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Traditionally, pathological analysis and diagnosis are performed by manually
eyeballing glass slide specimens under a microscope by an expert. The whole
slide image is the digital specimen produced from the glass slide. Whole slide
image enabled specimens to be observed on a computer screen and led to
computational pathology where computer vision and artificial intelligence are
utilized for automated analysis and diagnosis. With the current computational
advancement, the entire whole slide image can be analyzed autonomously without
human supervision. However, the analysis could fail or lead to wrong diagnosis
if the whole slide image is affected by tissue artifacts such as tissue fold or
air bubbles depending on the severity. Existing artifact detection methods rely
on experts for severity assessment to eliminate artifact affected regions from
the analysis. This process is time consuming, exhausting and undermines the
goal of automated analysis or removal of artifacts without evaluating their
severity, which could result in the loss of diagnostically important data.
Therefore, it is necessary to detect artifacts and then assess their severity
automatically. In this paper, we propose a system that incorporates severity
evaluation with artifact detection utilizing convolutional neural networks. The
proposed system uses DoubleUNet to segment artifacts and an ensemble network of
six fine tuned convolutional neural network models to determine severity. This
method outperformed current state of the art in accuracy by 9 percent for
artifact segmentation and achieved a strong correlation of 97 percent with the
evaluation of pathologists for severity assessment. The robustness of the
system was demonstrated using our proposed heterogeneous dataset and practical
usability was ensured by integrating it with an automated analysis system.
- Abstract（参考訳）: 伝統的に、病理学的解析と診断は、専門家が顕微鏡下でガラススライド標本を手動で眼球で行う。
スライド画像全体は、ガラススライドから生成されたデジタル標本である。
スライド画像全体を通して標本をコンピュータ画面で観察し、コンピュータビジョンと人工知能を自動分析と診断に利用する計算病理学へと導いた。
現在の計算の進歩により、スライド画像全体は人間の監督なしに自律的に分析できる。
しかし、この分析は、組織の折りたたみや気泡などの組織的アーティファクトによってスライド画像全体が影響を受ける場合、失敗するか、誤った診断につながる可能性がある。
既存のアーティファクト検出手法は、分析から影響のあるアーティファクトを除去するために、重症度評価の専門家に依存している。
このプロセスは、重症度を評価することなく、自動分析やアーティファクトの除去という目標を損なうことなく、時間の消費、枯渇、弱体化させ、診断上重要なデータを失う可能性がある。
したがって、アーティファクトを検出して、その重大度を自動的に評価する必要がある。
本稿では,畳み込みニューラルネットワークを用いたアーティファクト検出に重大度評価を組み込んだシステムを提案する。
提案システムはDoubleUNetを用いてアーティファクトを分割し、6つの微調整された畳み込みニューラルネットワークモデルのアンサンブルネットワークを用いて重大性を決定する。
この手法は, アーチファクトセグメンテーションの精度を9%向上させ, 重症度評価のための病理医の評価と97パーセントの強い相関を達成した。
提案したヘテロジニアスデータセットを用いてシステムのロバスト性を実証し,自動解析システムと統合することで実用性を確保した。
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