論文の概要: evolSOM: an R Package for evolutionary conservation analysis with SOMs
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2402.07948v1
- Date: Fri, 9 Feb 2024 20:33:48 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-02-14 18:06:24.267744
- Title: evolSOM: an R Package for evolutionary conservation analysis with SOMs
- Title(参考訳): evolSOM:SOMを用いた進化保存解析のためのRパッケージ
- Authors: Santiago Prochetto, Renata Reinheimer, Georgina Stegmayer
- Abstract要約: 本稿では,生物変数の保存を探索・可視化するために,自己組織化マップ(SOM)を利用した新しいRパッケージであるevolSOMを紹介する。
パッケージは自動的に変位を計算し、図形的に表示し、保存された変数と変位した変数を効率よく比較および明らかにする。
EvolSOMを用いて遺伝子および表現型形質の変位を解析し、草葉における表現型分化の潜在的な要因を同定した。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.4972323953932129
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
- Abstract: Motivation: Unraveling the connection between genes and traits is crucial for
solving many biological puzzles. Genes provide instructions for building
cellular machinery, directing the processes that sustain life. RNA molecules
and proteins, derived from these genetic instructions, play crucial roles in
shaping cell structures, influencing reactions, and guiding behavior. This
fundamental biological principle links genetic makeup to observable traits, but
integrating and extracting meaningful relationships from this complex,
multimodal data presents a significant challenge. Results: We introduce
evolSOM, a novel R package that utilizes Self-Organizing Maps (SOMs) to explore
and visualize the conservation of biological variables, easing the integration
of phenotypic and genotypic attributes. By constructing species-specific or
condition-specific SOMs that capture non-redundant patterns, evolSOM allows the
analysis of displacement of biological variables between species or conditions.
Variables displaced together suggest membership in the same regulatory network,
and the nature of the displacement may hold biological significance. The
package automatically calculates and graphically presents these displacements,
enabling efficient comparison and revealing conserved and displaced variables.
The package facilitates the integration of diverse phenotypic data types,
enabling the exploration of potential gene drivers underlying observed
phenotypic changes. Its user-friendly interface and visualization capabilities
enhance the accessibility of complex network analyses. Illustratively, we
employed evolSOM to study the displacement of genes and phenotypic traits,
successfully identifying potential drivers of phenotypic differentiation in
grass leaves. Availability: The package is open-source and is available at
https://github.com/sanprochetto/evolSOM.
- Abstract(参考訳): モチベーション:遺伝子と形質の関連を解き放つことは、多くの生物学的パズルを解く上で重要である。
遺伝子は細胞機械を構築するための指示を与え、生命を維持する過程を指示する。
これらの遺伝子から誘導されるRNA分子やタンパク質は、細胞構造の形成、反応への影響、誘導行動において重要な役割を果たす。
この基本的な生物学的原理は遺伝子構成と観測可能な形質を結びつけるが、この複雑なマルチモーダルデータから有意義な関係を統合・抽出することは重大な課題である。
結果: 自己組織マップ(SOM)を用いて生物変数の保存を探索・可視化し, 表現型属性と遺伝子型属性の統合を緩和する新しいRパッケージであるevolSOMを紹介した。
非冗長パターンを捕捉する種特異的または条件特異的なSOMを構築することにより、evolSOMは種または条件間の生物学的変数の変位を分析することができる。
同時に変位した変数は、同じ規制ネットワークのメンバーシップを示し、変位の性質は生物学的に重要な意味を持つかもしれない。
パッケージは自動的にこれらの変位を計算し、グラフィカルに提示し、効率的な比較と保存された変数と配置された変数の明確化を可能にする。
このパッケージは多様な表現型データ型の統合を促進し、観察された表現型の変化に基づく潜在的な遺伝子ドライバの探索を可能にする。
そのユーザフレンドリーなインターフェースと視覚化機能は、複雑なネットワーク分析のアクセシビリティを高める。
EvolSOMを用いて遺伝子および表現型形質の変位を解析し、草葉における表現型分化の潜在的な要因を同定した。
アベイラビリティ:パッケージはオープンソースであり、https://github.com/sanprochetto/evolsomで利用可能である。
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