論文の概要: Classification of colorectal primer carcinoma from normal colon with mid-infrared spectra
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2405.10950v1
- Date: Fri, 22 Mar 2024 16:16:03 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-07-01 08:39:42.503970
- Title: Classification of colorectal primer carcinoma from normal colon with mid-infrared spectra
- Title(参考訳): 中赤外スペクトルを用いた正常大腸よりの大腸癌の分類
- Authors: B. Borkovits, E. Kontsek, A. Pesti, P. Gordon, S. Gergely, I. Csabai, A. Kiss, P. Pollner,
- Abstract要約: 組織コアあたり数千のスペクトルを測定するために,ホルマリン固定パラフィン埋め込み(FFPE)組織サンプルを用いた。
分類にはランダムフォレスト,サポートベクターマシン,XGBoost,線形判別分析法を用いた。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: In this project, we used formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue samples to measure thousands of spectra per tissue core with Fourier transform mid-infrared spectroscopy using an FT-IR imaging system. These cores varied between normal colon (NC) and colorectal primer carcinoma (CRC) tissues. We created a database to manage all the multivariate data obtained from the measurements. Then, we applied classifier algorithms to identify the tissue based on its yielded spectra. For classification, we used the random forest, a support vector machine, XGBoost, and linear discriminant analysis methods, as well as three deep neural networks. We compared two data manipulation techniques using these models and then applied filtering. In the end, we compared model performances via the sum of ranking differences (SRD).
- Abstract(参考訳): 本研究は,ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織試料を用いて,FT-IRイメージングシステムを用いたフーリエ変換中赤外分光法を用いて,組織コアあたり数千のスペクトルを測定した。
これらのコアは正常大腸癌 (NC) と大腸癌 (CRC) 組織の間で異なっていた。
測定結果から得られた多変量データを管理するデータベースを作成しました。
次に, 得られたスペクトルに基づいて組織を同定するために分類アルゴリズムを適用した。
分類には、ランダムフォレスト、サポートベクターマシン、XGBoost、線形判別分析法、および3つのディープニューラルネットワークを用いた。
これらのモデルを用いて2つのデータ操作手法を比較し,フィルタリングを適用した。
最後に、ランキング差の和(SRD)を用いてモデル性能を比較した。
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