論文の概要: CoDA: Interactive Segmentation and Morphological Analysis of Dendroid Structures Exemplified on Stony Cold-Water Corals
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2406.18236v1
- Date: Wed, 26 Jun 2024 10:37:02 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-06-27 13:49:09.625942
- Title: CoDA: Interactive Segmentation and Morphological Analysis of Dendroid Structures Exemplified on Stony Cold-Water Corals
- Title（参考訳）: CoDA: ストーニーコールドウォーターサンゴを模擬したデンドロイド構造の対話的セグメンテーションと形態解析
- Authors: Kira Schmitt, Jürgen Titschack, Daniel Baum,
- Abstract要約: CoDAは、複雑なデンドロイドサンゴコロニーの個体発生形態学的発達を初めて研究することができる。
CoDAの一部であるCoDAGraphは、スケルトンツリーの抽出した特徴と2Dグラフレイアウトを視覚化するための、機能豊富なリンクとブラシのユーザインターフェースである。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 1.2699007098398802
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Herein, we present CoDA, the Coral Dendroid structure Analyzer, a visual analytics suite that allows for the first time to investigate the ontogenetic morphological development of complex dendroid coral colonies, exemplified on three important framework-forming dendroid cold-water corals: Lophelia pertusa (Linnaeus, 1758), Madrepora oculata (Linnaeus, 1758), and Goniocorella dumosa (Alcock, 1902). Input to CoDA is an initial instance segmentation of the coral polyp cavities (calices), from which it estimates the skeleton tree of the colony and extracts classical morphological measurements and advanced shape features of the individual corallites. CoDA also works as a proofreading and error correction tool by helping to identify wrong parts in the skeleton tree and providing tools to quickly correct these errors. The final skeleton tree enables the derivation of additional information about the calices/corallite instances that otherwise could not be obtained, including their ontogenetic generation and branching patterns - the basis of a fully quantitative statistical analysis of the coral colony morphology. Part of CoDA is CoDAGraph, a feature-rich link-and-brush user interface for visualizing the extracted features and 2D graph layouts of the skeleton tree, enabling the real-time exploration of complex coral colonies and their building blocks, the individual corallites and branches. In the future, we expect CoDA to greatly facilitate the analysis of large stony corals of different species and morphotypes, as well as other dendroid structures, enabling new insights into the influence of genetic and environmental factors on their ontogenetic morphological development.
- Abstract（参考訳）: 本稿では,CoDA, Coral Dendroid structure Analyzerについて紹介する。これは複雑なデンドロイドサンゴ群集の個体発生形態を初めて研究するためのビジュアル分析スイートで, 3つの重要なフレームワークを形成するデンドロイドコールドウォーターサンゴであるLophelia pertusa (Linnaeus, 1758), Madrepora oculata (Linnaeus, 1758), Goniocorella dumosa (Alcock, 1902)を例に示す。
CoDAへの入力は、植民地の骨格樹を推定し、個々のサンゴライトの古典的な形態計測と高度な形状の特徴を抽出するサンゴの多孔体の初期の例である。
CoDAはまた、スケルトンツリーの間違った部分を識別し、これらのエラーを迅速に修正するツールを提供することで、証明読影とエラー訂正ツールとしても機能する。
最終骨格樹は、その個体発生や枝分かれパターンを含む、他の方法では得られなかったカリス/コルライトの事例に関する追加情報(サンゴコロニーの形態に関する完全に定量的な統計分析の基礎)を導出することを可能にする。
CoDAの一部としてCoDAGraphがある。これは、抽出された特徴とスケルトンツリーの2Dグラフレイアウトを視覚化するための機能豊富なリンク・アンド・ブラシユーザインターフェースで、複雑なサンゴコロニーとそのビルディングブロック、個々のサンゴライトとブランチをリアルタイムに探索することができる。
将来、CoDAは、異なる種や形態の大型スズメサンゴや他のデンドロイド構造の分析を大いに促進し、遺伝学的および環境学的要因が個体発生形態形成に与える影響について新たな洞察を得られることを期待している。
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