論文の概要: geom2vec: pretrained GNNs as geometric featurizers for conformational dynamics

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2409.19838v1
• Date: Mon, 30 Sep 2024 00:36:06 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-11-05 17:19:55.614426
• Title: geom2vec: pretrained GNNs as geometric featurizers for conformational dynamics
• Title（参考訳）: geom2vec: コンフォメーションダイナミクスのための幾何学的な芸品としての事前訓練されたGNN
• Authors: Zihan Pengmei, Chatipat Lorpaiboon, Spencer C. Guo, Jonathan Weare, Aaron R. Dinner,
• Abstract要約: 我々はGeom2vecを紹介し、トレーニング済みグラフニューラルネットワーク(GNN)を普遍的なデファクトライザとして利用する。 さらに微調整することなく分子幾何学的パターンを捉えた伝達可能な構造表現を学習する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Identifying informative low-dimensional features that characterize dynamics in molecular simulations remains a challenge, often requiring extensive hand-tuning and system-specific knowledge. Here, we introduce geom2vec, in which pretrained graph neural networks (GNNs) are used as universal geometric featurizers. By pretraining equivariant GNNs on a large dataset of molecular conformations with a self-supervised denoising objective, we learn transferable structural representations that capture molecular geometric patterns without further fine-tuning. We show that the learned representations can be directly used to analyze trajectory data, thus eliminating the need for manual feature selection and improving robustness of the simulation analysis workflows. Importantly, by decoupling GNN training from training for downstream tasks, we enable analysis of larger molecular graphs with limited computational resources.
• Abstract（参考訳）: 分子シミュレーションの力学を特徴付ける情報的低次元の特徴を特定することは、しばしば手作業やシステム固有の知識を必要とする。 ここでは,事前学習されたグラフニューラルネットワーク(GNN)を普遍的な幾何演算器として用いるgeom2vecを紹介する。 分子配座の大規模データセット上の同変GNNの事前学習により,分子の幾何学的パターンをさらに微調整することなく捉えるための伝達可能な構造表現を学習する。 学習した表現は直接トラジェクトリデータの解析に利用でき、手動による特徴選択の必要性を排除し、シミュレーション解析ワークフローの堅牢性を向上させることができる。 重要なことは、下流タスクのトレーニングからGNNトレーニングを分離することで、計算資源が限られている大規模分子グラフの分析を可能にすることである。

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