論文の概要: Utilizing Large Language Models in an iterative paradigm with domain feedback for zero-shot molecule optimization

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2410.13147v7
• Date: Sun, 08 Dec 2024 04:33:07 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-12-10 14:51:39.438621
• Title: Utilizing Large Language Models in an iterative paradigm with domain feedback for zero-shot molecule optimization
• Title（参考訳）: ゼロショット分子最適化のためのドメインフィードバックを用いた反復パラダイムにおける大規模言語モデルの利用
• Authors: Khiem Le, Nitesh V. Chawla,
• Abstract要約: 本稿では,シンプルなドメインフィードバックプロバイダである$textRe3$DFを提案する。 $textRe3$DFは、修飾分子が化学的に無効である場合、外部ツールキットRDKitを使用して分子幻覚を処理する。 20の単価目標に対して、$textRe3$DFはそれぞれ16.96%、20.76%を緩い(textttl)と厳格な(texttts)の閾値で増加させる。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 21.293944661913386
• License:
• Abstract: Molecule optimization is a critical task in drug discovery to optimize desired properties of a given molecule through chemical modification. Despite Large Language Models (LLMs) holding the potential to efficiently simulate this task by using natural language to direct the optimization, straightforwardly utilizing them shows limited performance. In this work, we facilitate utilizing LLMs in an iterative paradigm by proposing a simple yet highly effective domain feedback provider, namely $\text{Re}^3$DF. In detail, $\text{Re}^3$DF harnesses an external toolkit, RDKit, to handle the molecule hallucination, if the modified molecule is chemically invalid. Otherwise, its desired properties are computed and compared to the original one, establishing reliable domain feedback with correct direction and distance towards the objective, followed by a retrieved example, to guide the LLM to refine the modified molecule. We conduct experiments across both single- and multi-property objectives with 2 thresholds, where $\text{Re}^3$DF shows significant improvements. Particularly, for 20 single-property objectives, $\text{Re}^3$DF enhances Hit ratio by 16.96% and 20.76% under loose (\texttt{l}) and strict (\texttt{s}) thresholds, respectively. For 32 multi-property objectives, $\text{Re}^3$DF enhances Hit ratio by 6.04% and 5.25%.
• Abstract（参考訳）: 分子最適化は、化学修飾によって与えられた分子の望ましい性質を最適化する薬物発見において重要な課題である。 大きな言語モデル(LLM)は、自然言語を使って最適化を指示することで、このタスクを効率的にシミュレートする可能性を秘めているが、直接的に利用すると、性能は限られている。 本研究では,シンプルなドメインフィードバックプロバイダ,すなわち$\text{Re}^3$DFを提案することで,LCMを反復パラダイムで活用しやすくする。 詳しくは、$\text{Re}^3$DFは、修飾された分子が化学的に無効である場合、外部ツールキットRDKitを用いて分子幻覚を処理する。 そうでなければ、その望ましい性質は計算され、元の特性と比較され、目的に向かって正しい方向と距離で信頼できるドメインフィードバックが確立され、次に、LLMを誘導して修飾された分子を洗練させる。 2つのしきい値を持つ単目的と多目的の両方で実験を行い、$\text{Re}^3$DFは大幅な改善を示す。 特に、20個の単値目的に対して、$\text{Re}^3$DFは、それぞれ16.96%、20.76%を緩い(\texttt{l})と厳密な(\texttt{s})閾値で増加させる。 32の多目的に対して、$\text{Re}^3$DFはヒット率を6.04%と5.25%向上させる。

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