論文の概要: Comparative Analysis of nnUNet and MedNeXt for Head and Neck Tumor Segmentation in MRI-guided Radiotherapy

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2411.14752v1
• Date: Fri, 22 Nov 2024 06:16:56 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-11-25 15:03:31.026772
• Title: Comparative Analysis of nnUNet and MedNeXt for Head and Neck Tumor Segmentation in MRI-guided Radiotherapy
• Title（参考訳）: MRI誘導放射線治療における頭頸部腫瘍切除におけるnnUNetとMedNeXtの比較検討
• Authors: Nikoo Moradi, André Ferreira, Behrus Puladi, Jens Kleesiek, Emad Fatemizadeh, Gijs Luijten, Victor Alves, Jan Egger,
• Abstract要約: 我々はHNTS-MRG24 MICCAI ChallengeにチームTUMORとしてソリューションを提示する。 前RTおよび中RTMRI画像における原発性GTVpと転移性リンパ節GTVnの自動分画に焦点を当てた。 第1タスクの解は最終テスト段階では第1位、第2タスクの解は第8位、第2タスクの解は第1位、第2タスクの解は第8位、スコアは0.7005であった。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 2.13048414569993
• License:
• Abstract: Radiation therapy (RT) is essential in treating head and neck cancer (HNC), with magnetic resonance imaging(MRI)-guided RT offering superior soft tissue contrast and functional imaging. However, manual tumor segmentation is time-consuming and complex, and therfore remains a challenge. In this study, we present our solution as team TUMOR to the HNTS-MRG24 MICCAI Challenge which is focused on automated segmentation of primary gross tumor volumes (GTVp) and metastatic lymph node gross tumor volume (GTVn) in pre-RT and mid-RT MRI images. We utilized the HNTS-MRG2024 dataset, which consists of 150 MRI scans from patients diagnosed with HNC, including original and registered pre-RT and mid-RT T2-weighted images with corresponding segmentation masks for GTVp and GTVn. We employed two state-of-the-art models in deep learning, nnUNet and MedNeXt. For Task 1, we pretrained models on pre-RT registered and mid-RT images, followed by fine-tuning on original pre-RT images. For Task 2, we combined registered pre-RT images, registered pre-RT segmentation masks, and mid-RT data as a multi-channel input for training. Our solution for Task 1 achieved 1st place in the final test phase with an aggregated Dice Similarity Coefficient of 0.8254, and our solution for Task 2 ranked 8th with a score of 0.7005. The proposed solution is publicly available at Github Repository.
• Abstract（参考訳）: 放射線療法(RT)は頭頸部癌(HNC)の治療に必須であり,MRI誘導RTは優れた軟組織コントラストと機能的イメージングを提供する。 しかし、手動による腫瘍の分節は時間がかかり複雑であり、Therforeは依然として課題である。 本研究では,HNTS-MRG24 MICCAI Challenge(HNTS-MRG24 MICCAI Challenge)にチームTUMORとしてソリューションを提示する。 我々はHNTS-MRG2024データセットを用いて,HNCと診断された患者から150個のMRIスキャンを行った。 ディープラーニングには2つの最先端モデル、nnUNetとMedNeXtを採用しました。 Task 1では、Pre-RT登録画像とMid-RT登録画像の事前トレーニングを行い、続いてオリジナルのPre-RTイメージの微調整を行った。 タスク2では,登録済みのPre-RTイメージ,登録済みのPre-RTセグメンテーションマスク,およびトレーニング用マルチチャネル入力としてミッドRTデータを組み合わせた。 第1タスクの解は最終テスト段階では第1位、第2タスクの解は第8位、第2タスクの解は第1位、第2タスクの解は第8位、スコアは0.7005であった。 提案されたソリューションはGithub Repositoryで公開されている。

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