Fugu-MT 論文翻訳(概要): Uncertainty-Aware Adaptation of Large Language Models for Protein-Protein Interaction Analysis

論文の概要: Uncertainty-Aware Adaptation of Large Language Models for Protein-Protein Interaction Analysis

arxiv url: http://arxiv.org/abs/2502.06173v1
Date: Mon, 10 Feb 2025 05:54:36 GMT
ステータス: 翻訳完了
システム内更新日: 2025-02-11 18:57:50.848123
Title: Uncertainty-Aware Adaptation of Large Language Models for Protein-Protein Interaction Analysis
Title（参考訳）: タンパク質-タンパク質相互作用解析のための大規模言語モデルの不確実性認識適応
Authors: Sanket Jantre, Tianle Wang, Gilchan Park, Kriti Chopra, Nicholas Jeon, Xiaoning Qian, Nathan M. Urban, Byung-Jun Yoon,
Abstract要約: 大規模言語モデル(LLM)は、タンパク質の構造や相互作用を予測する際、顕著な可能性を示している。しかし、それらの固有の不確実性は再現可能な発見を導き出す上で重要な課題である。微調整LLaMA-3とBioMedGPTモデルを利用して,PPI解析のためのLLMの不確実性を考慮した適応を提案する。
参考スコア（独自算出の注目度）: 10.67543730905283
License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Abstract: Identification of protein-protein interactions (PPIs) helps derive cellular mechanistic understanding, particularly in the context of complex conditions such as neurodegenerative disorders, metabolic syndromes, and cancer. Large Language Models (LLMs) have demonstrated remarkable potential in predicting protein structures and interactions via automated mining of vast biomedical literature; yet their inherent uncertainty remains a key challenge for deriving reproducible findings, critical for biomedical applications. In this study, we present an uncertainty-aware adaptation of LLMs for PPI analysis, leveraging fine-tuned LLaMA-3 and BioMedGPT models. To enhance prediction reliability, we integrate LoRA ensembles and Bayesian LoRA models for uncertainty quantification (UQ), ensuring confidence-calibrated insights into protein behavior. Our approach achieves competitive performance in PPI identification across diverse disease contexts while addressing model uncertainty, thereby enhancing trustworthiness and reproducibility in computational biology. These findings underscore the potential of uncertainty-aware LLM adaptation for advancing precision medicine and biomedical research.
Abstract（参考訳）: タンパク質とタンパク質の相互作用(PPI)の同定は、特に神経変性疾患、メタボリックシンドローム、がんなどの複雑な状態の文脈において、細胞の機械的理解の導出に役立つ。大規模言語モデル (LLMs) は、膨大な生物医学文献の自動採掘を通じてタンパク質構造や相互作用を予測する際、顕著な可能性を示しているが、その固有の不確実性は、生物医学的応用に不可欠な再現可能な発見を導き出す上で重要な課題である。本研究では, 微調整 LLaMA-3 と BioMedGPT モデルを用いて, PPI 解析のための LLM の不確実性を考慮した適応手法を提案する。予測信頼性を高めるため,不確実性定量化(UQ)のためのLoRAアンサンブルとベイジアンLoRAモデルを統合し,タンパク質の挙動に対する信頼性を検証した。提案手法は, モデル不確実性に対処しながら, 様々な疾患文脈におけるPPI識別における競合性能を実現し, 計算生物学における信頼性と再現性を向上する。これらの知見は, 精密医療・生物医学研究における不確実性を考慮したLCM適応の可能性を明らかにするものである。

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