論文の概要: Template-Guided 3D Molecular Pose Generation via Flow Matching and Differentiable Optimization

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2506.06305v1
• Date: Thu, 22 May 2025 09:50:51 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-06-16 03:13:19.037678
• Title: Template-Guided 3D Molecular Pose Generation via Flow Matching and Differentiable Optimization
• Title（参考訳）: フローマッチングと微分可能な最適化によるテンプレート誘導3次元分子詩生成
• Authors: Noémie Bergues, Arthur Carré, Paul Join-Lambert, Brice Hoffmann, Arnaud Blondel, Hamza Tajmouati,
• Abstract要約: タンパク質結合部位内の小さな分子の3Dコンホメーションを予測することは、薬物設計において重要な課題である。 本稿では,2段階の方法を提案する。 リガンドコンフォーメーション ジェネレーション 誘導。 テンプレートだ 私たちは新しいベンチマークでアプローチを評価します。 リガンドペアは同じターゲットで共結晶し、性能が向上することを示す。 標準ドッキングツールとオープンアクセスアライメントメソッド。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
• Abstract: Predicting the 3D conformation of small molecules within protein binding sites is a key challenge in drug design. When a crystallized reference ligand (template) is available, it provides geometric priors that can guide 3D pose prediction. We present a two-stage method for ligand conformation generation guided by such templates. In the first stage, we introduce a molecular alignment approach based on flow-matching to generate 3D coordinates for the ligand, using the template structure as a reference. In the second stage, a differentiable pose optimization procedure refines this conformation based on shape and pharmacophore similarities, internal energy, and, optionally, the protein binding pocket. We evaluate our approach on a new benchmark of ligand pairs co-crystallized with the same target and show that it outperforms standard docking tools and open-access alignment methods, especially in cases involving low similarity to the template or high ligand flexibility.
• Abstract（参考訳）: タンパク質結合部位内の小さな分子の3Dコンホメーションを予測することは、薬物設計において重要な課題である。 結晶化された参照リガンド(テンプレート)が利用可能であれば、3Dポーズ予測をガイドできる幾何学的先行情報を提供する。 このようなテンプレートでガイドされた2段階のリガンドコンホメーション生成法を提案する。 第1段階では,フローマッチングに基づく分子アライメント手法を導入し,テンプレート構造を基準として,リガンドの3次元座標を生成する。 第2段階では、異なるポーズ最適化法が、形状と薬局類似性、内部エネルギー、そして任意にタンパク質結合ポケットに基づいて、このコンフォメーションを洗練させる。 提案手法は,同一ターゲットに共結晶したリガンドペアの新しいベンチマークにおいて評価し,特にテンプレートとの類似度が低い場合や高いリガンド柔軟性を有する場合において,標準ドッキングツールやオープンアクセスアライメント手法よりも優れていることを示す。

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