論文の概要: A Priori Sampling of Transition States with Guided Diffusion
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2603.25980v1
- Date: Thu, 26 Mar 2026 23:44:48 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-03-30 21:49:48.315747
- Title: A Priori Sampling of Transition States with Guided Diffusion
- Title（参考訳）: 誘導拡散による遷移状態の事前サンプリング
- Authors: Hyukjun Lim, Soojung Yang, Lucas Pinède, Miguel Steiner, Yuanqi Du, Rafael Gómez-Bombarelli,
- Abstract要約: 本稿では,A Priori Smpling of TRAnsition States with Guided Diffusionを紹介する。
ASTRAは高い精度で遷移状態を見つけ、複数の反応経路を発見し、複雑な分子系の力学的研究を可能にする。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 14.221901684555233
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Transition states, the first-order saddle points on the potential energy surfaces, govern the kinetics and mechanisms of chemical reactions and conformational changes. Locating them is challenging because transition pathways are topologically complex and can proceed via an ensemble of diverse routes. Existing methods address these challenges by introducing heuristic assumptions about the pathway or reaction coordinates, which limits their applicability when a good initial guess is unavailable or when the guess precludes alternative, potentially relevant pathways. We propose to bypass such heuristic limitations by introducing ASTRA, A Priori Sampling of TRAnsition States with Guided Diffusion, which reframes the transition state search as an inference-time scaling problem for generative models. ASTRA trains a score-based diffusion model on configurations from known metastable states. Then, ASTRA guides inference toward the isodensity surface separating the basins of metastable states via a principled composition of conditional scores. A Score-Aligned Ascent (SAA) process then approximates a reaction coordinate from the difference between conditioned scores and combines it with physical forces to drive convergence onto first-order transition states. Validated on benchmarks from 2D potentials to biomolecular conformational changes and chemical reaction, ASTRA locates transition states with high precision and discovers multiple reaction pathways, enabling mechanistic studies of complex molecular systems.
- Abstract（参考訳）: 遷移状態、一階のサドルはポテンシャルエネルギー表面を指し、化学反応や配座の変化の速度論と機構を制御している。
遷移経路はトポロジカルに複雑であり、様々な経路のアンサンブルを通すことができるため、それらの配置は困難である。
既存の手法では、経路や反応座標に関するヒューリスティックな仮定を導入することでこれらの課題に対処している。
本稿では,A Priori Smpling of TRAnsition States with Guided Diffusionを導入することで,このようなヒューリスティックな制約を回避することを提案する。
ASTRAは、既知の準安定状態から設定したスコアベースの拡散モデルを訓練する。
そして、ASTRAは、条件付きスコアの原理的構成により、準安定状態の流域を分離する等高線面への推論を導出する。
Score-Aligned Ascent (SAA) プロセスは、条件付きスコア間の差から反応座標を近似し、物理力と組み合わせて1次遷移状態への収束を駆動する。
2次元ポテンシャルから生体分子のコンフォメーション変化や化学反応へのベンチマークで検証されたASTRAは、遷移状態の高精度な位置を特定し、複数の反応経路を発見し、複雑な分子系の力学的な研究を可能にする。
関連論文リスト
- Rapid Dissipative Ground State Preparation at Chemical Transition States [4.732179873286638]
本稿では,反応経路自体を計算的プリミティブとして扱うことにより,この構造を利用する散逸的基底状態準備のためのプロトコルを提案する。
本プロトコルでは, プロクレスト配向軌道回転を用いた離散化反応座標に沿って, 抽出可能な形状で調製された状態が伝播し, 工学的散逸冷却により安定化する手法を用いる。
強相関状態における局所的固有状態熱化仮説(ETH)ドリフト条件を満たす反応経路について,N_o$軌道を持つ化学系の基底状態が全ゲート複雑度を持つエネルギー誤差$_E$となることを示す。
論文 参考訳（メタデータ） (2026-02-12T05:46:07Z) - SynBridge: Bridging Reaction States via Discrete Flow for Bidirectional Reaction Prediction [33.428877102021254]
化学反応の本質は電子の再分配と再編成にある。
マルチタスク反応予測を実現するための双方向フローベース生成モデルであるSynBridgeを提案する。
論文 参考訳（メタデータ） (2025-07-11T10:35:13Z) - Transition Path Sampling with Improved Off-Policy Training of Diffusion Path Samplers [10.210248065533133]
本稿では,拡散経路サンプリング問題に対処するために拡散経路サンプリング器(DPS)を訓練する新しい手法を提案する。
DPSにより誘導される経路分布と遷移経路分布との対数分散を最小化することにより、遷移経路分布からの償却サンプリングとして問題を再構築する。
我々は、TPS-DPSと呼ばれる我々のアプローチを、合成系、小ペプチド、高速折りたたみタンパク質で広範囲に評価し、既存のベースラインよりも現実的で多様な遷移経路を生み出すことを実証した。
論文 参考訳（メタデータ） (2024-05-30T11:32:42Z) - Generative Model for Constructing Reaction Path from Initial to Final States [0.47477099173857373]
本稿では,ニューラルネットワークを用いた反応経路の初期推定手法を提案する。
提案手法は、初期状態の座標を入力し、その後、その構造を進行的に変化させることによって開始される。
この幾何学的手法の応用は、有機反応によって示される複雑な反応経路にまで及ぶ。
論文 参考訳（メタデータ） (2024-01-19T14:32:50Z) - Catalytic and asymptotic equivalence for quantum entanglement [44.99833362998488]
多くのコピーの絡み合う操作は、ノイズの多い状態から非常に絡み合った純粋な状態を可能にする。
本研究では, 絡み合った触媒を用いることで, 蒸留可能な量子状態の単項蒸留速度を向上できないことを示す。
本研究は, 絡み合った状態の触媒および状態変換の能力と限界を包括的に把握するものである。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-05-05T12:57:59Z) - Enhanced Sampling of Configuration and Path Space in a Generalized
Ensemble by Shooting Point Exchange [71.49868712710743]
長寿命状態間の遷移によって引き起こされる稀な事象をシミュレートする新しい手法を提案する。
このスキームは遷移経路サンプリングシミュレーションの効率を大幅に向上させる。
力学を歪ませることなく、分子過程の熱力学、動力学、反応座標に関する情報を得る。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-02-17T08:41:31Z) - Entanglement and Absorbing-State Transitions in Interactive Quantum Dynamics [0.027042267806481293]
量子コンピュータは、非古典的なシナリオにおける量子多体系の探索を動機付けている。
対象状態に向けてシステムを操ろうとするダイナミクスについて検討する。
我々は一般に、吸収状態遷移は個々の軌道における絡み合い遷移とは異なる臨界パラメータで起こると主張する。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-11-22T19:00:07Z) - Stochastic Optimal Control for Collective Variable Free Sampling of
Molecular Transition Paths [60.254555533113674]
分子系の2つの準安定状態間の遷移経路をサンプリングする問題を考察する。
本稿では,その遷移をサンプリングする機械学習手法を提案する。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-06-27T14:01:06Z) - Accessing the topological Mott insulator in cold atom quantum simulators
with realistic Rydberg dressing [58.720142291102135]
本稿では, コールド・ライドバーグ型原子を用いた光学格子の量子シミュレーションの現実的シナリオについて検討する。
本研究では, 平均場近似において, 半次および非共役充填時の位相図の詳細な解析を行う。
さらに、平均場近似における温度に対する相の安定性について検討する。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-03-28T14:55:28Z) - Probing eigenstate thermalization in quantum simulators via
fluctuation-dissipation relations [77.34726150561087]
固有状態熱化仮説(ETH)は、閉量子多体系の平衡へのアプローチの普遍的なメカニズムを提供する。
本稿では, ゆらぎ・散逸関係の出現を観測し, 量子シミュレータのフルETHを探索する理論に依存しない経路を提案する。
我々の研究は、量子シミュレータにおける熱化を特徴づける理論に依存しない方法を示し、凝縮物質ポンプ-プローブ実験をシミュレーションする方法を舗装する。
論文 参考訳（メタデータ） (2020-07-20T18:00:02Z)
関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。
指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト（すべての情報・翻訳含む）の品質を保証せず、本サイト（すべての情報・翻訳含む）を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。