論文の概要: Simultaneous Fragment Docking for Geometrically Linkable Pose Pairs

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2604.24773v1
• Date: Thu, 16 Apr 2026 07:50:39 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-05-04 02:32:14.215663
• Title: Simultaneous Fragment Docking for Geometrically Linkable Pose Pairs
• Title（参考訳）: 幾何学的にリンク可能なポスペアの同時フラグメントドッキング
• Authors: Jiyun Lee, You Kyoung Chung, Joonsuk Huh,
• Abstract要約: 再建可能な配置を優先するために,明示的なフラグメント間距離項を導入する。 この項のない定式化とは対照的に、Q-SFDは再構成可能なペアの約2倍のTop-1リカバリを行う。 上位5のソリューションは、フラグメントレベルのポーズ精度を失うことなく、90%以上のベンチマークケースに対して、少なくとも1つの実行可能なペアを含んでいた。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 3.530232941045919
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Computational molecular design requires binding arrangements that are not only energetically favorable but also chemically realizable. However, computational methods remain limited in directly recovering fragment pose pairs that can later be connected into a single molecule. To address this problem, we formulated the simultaneous placement of two fragments as a quadratic unconstrained binary optimization problem, Q-SFD, and introduced an explicit inter-fragment distance term to favor reconstruction-feasible arrangements. Relative to the formulation without this term, Q-SFD approximately doubled top-1 recovery of reconstruction-feasible pairs, and the top-5 solutions contained at least one feasible pair for more than 90% of benchmark cases without loss of fragment-level pose accuracy.
• Abstract（参考訳）: 計算分子設計は、エネルギー的に有利なだけでなく化学的に実現可能な結合配列を必要とする。 しかし、計算手法は、後に1つの分子に結合できる断片的なポーズ対を直接回収することに制限されている。 この問題に対処するために,2つのフラグメントの同時配置を2次非制約バイナリ最適化問題 Q-SFD として定式化し,再構成可能な配置を優先する明示的なフラグメント間距離項を導入した。 この項を含まない定式化とは対照的に、Q-SFDは再構成可能なペアを2倍に回収し、トップ5の解には、フラグメントレベルのポーズ精度を失うことなく、90%以上のベンチマークケースに対して少なくとも1つの実行可能なペアが含まれていた。

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