論文の概要: TD3B: Transition-Directed Discrete Diffusion for Allosteric Binder Generation

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2605.09810v1
• Date: Sun, 10 May 2026 23:17:06 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-05-12 23:28:50.429311
• Title: TD3B: Transition-Directed Discrete Diffusion for Allosteric Binder Generation
• Title（参考訳）: TD3B:アロステリックバインダ生成のための遷移方向離散拡散
• Authors: Hanqun Cao, Aastha Pal, Sophia Tang, Yinuo Zhang, Jingjie Zhang, Pheng Ann Heng, Pranam Chatterjee,
• Abstract要約: 本稿では,アロステリック・バインダー設計のためのトランジッション指向離散拡散(Transition-Directed Discrete Diffusion for Allosteric Binder Design, TD3B)を提案する。 TD3Bは、ターゲット認識方向、ソフトバインディング親和性ゲート、および事前訓練された離散拡散モデルの微調整を組み合わせることで、アゴニスト生成を結合親和性から分離し、平衡ベースまたは推論のみのガイダンスベースラインで達成できないようにする。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 41.31786592695572
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
• Abstract: Protein function is often controlled by ligands that bias the direction of state transitions, such as agonists and antagonists, rather than stabilizing a single conformation. This is especially important for clinically relevant G protein-coupled receptors (GPCRs), where therapeutic efficacy depends on functional directionality. Structure-based design methods optimize binding to static conformations and cannot represent non-reversible, directional effects or systematically distinguish agonist from antagonist behavior. To address this gap, we introduce Transition-Directed Discrete Diffusion for Allosteric Binder Design (TD3B), a sequence-based generative framework that designs binders with specified agonist or antagonist behavior via a directional transition control objective. TD3B combines a target-aware Direction Oracle, a soft binding-affinity gate, and amortized fine-tuning of a pre-trained discrete diffusion model, enabling targeted agonist and antagonist generation decoupled from binding affinity and unattainable by equilibrium-based or inference-only guidance baselines. The code and checkpoints are available at https://huggingface.co/ChatterjeeLab/TD3B.
• Abstract（参考訳）: タンパク質機能は、単一のコンフォメーションを安定化するのではなく、アゴニストやアンタゴニストのような状態遷移の方向を偏らせるリガンドによってしばしば制御される。 臨床的に重要なGタンパク質結合受容体(GPCR)において、治療効果は機能的指向性に依存する。 構造に基づく設計手法は静的なコンフォーメーションへのバインディングを最適化し、非可逆的で指向的な効果を表現したり、アゴニストとアンタゴニストの振る舞いを体系的に区別することができない。 このギャップに対処するため,アロステリック・バインダー設計のためのトランジッション指向離散拡散(Transition-Directed Discrete Diffusion for Allosteric Binder Design, TD3B)を導入する。 TD3Bは、ターゲット認識指向Oracle、ソフトバインディング親和性ゲート、および事前訓練された離散拡散モデルの微調整を組み合わせることで、ターゲットアゴニストおよびアンタゴニスト生成を結合親和性から分離し、平衡ベースまたは推論のみのガイダンスベースラインで達成できないようにする。 コードとチェックポイントはhttps://huggingface.co/ChatterjeeLab/TD3Bで確認できる。

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