論文の概要: Latent space mapping of interpretable structural coordinates from stochastic single-molecule signals

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2606.16950v1
• Date: Mon, 15 Jun 2026 16:49:11 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-06-16 16:21:34.777786
• Title: Latent space mapping of interpretable structural coordinates from stochastic single-molecule signals
• Title（参考訳）: 確率的単一分子信号からの解釈可能な構造座標の潜時空間マッピング
• Authors: Matteo Cartiglia, Sandro Kuppel, Wouter Botermans Wannes Peeters, Natan Biesmans, Liam Vandekerckhove, Eric Beamish, Koen Ongena, Wouter Renckens, Pol Van Dorpe, Sanjin Marion,
• Abstract要約: ナノ孔エンコーダは、工学化されたDNAバーコードの固体ナノ孔信号を解釈可能な分子座標系にマッピングする。 本研究では,混合定量化,希少変検出,コンセンサスバーコード再構成,リアルタイム信号取得による検証を行った。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
• Abstract: Nanopores are versatile single-molecular sensors, but their utility is fundamentally constrained by stochastic translocation dynamics warping any encoded information. We resolve it by shifting from time-domain analysis to a learned latent-space mapping via a contrastive encoder trained exclusively on simulated signals from a physics-informed model. This encoder maps solid-state nanopore signals of engineered DNA barcodes into an interpretable molecular coordinate system. The learned representation is responsive to structural barcode parameters while remaining invariant to acquisition conditions and translocation conformation, allowing data pooling across devices. Molecule identification requires a single pass through the encoder, reducing computational cost by three orders of magnitude relative to alignment-based methods. We experimentally validate through mixture quantification, rare-variant detection, consensus barcode reconstruction, and real-time signal acquisition. This shift from temporal analysis to mapping structural coordinates into a latent space changes the paradigm behind analyzing stochastic sensor signals by linking classification to interpretable encoded molecular information.
• Abstract（参考訳）: ナノ孔は万能な単一分子センサーであるが、その用途は、符号化された情報に反する確率的転位ダイナミクスによって根本的に制約されている。 我々は、時間領域解析から物理インフォームドモデルからのシミュレートされた信号に特化して訓練されたコントラッシブエンコーダを介して学習された潜在空間マッピングへ移行することで解決する。 このエンコーダは、工学化されたDNAバーコードの固体ナノ孔信号を解釈可能な分子座標系にマッピングする。 学習された表現は、構造的バーコードパラメータに応答すると同時に、取得条件やトランスロケーションコンフォーメーションに不変であり、デバイス間でのデータプーリングを可能にする。 分子識別にはエンコーダを1回通す必要があり、アライメントベースの手法と比較して計算コストは3桁削減される。 本研究では,混合定量化,希少変検出,コンセンサスバーコード再構成,リアルタイム信号取得による検証を行った。 時間的解析から構造座標を潜在空間にマッピングするこのシフトは、分類と解釈可能なエンコードされた分子情報とをリンクすることで確率的センサ信号を解析するパラダイムを変える。

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