論文の概要: FoldPipe: Bounded Remote Streaming of Native Molecular Shards with Asynchronous Prefetch
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2608.27029v1
- Date: Thu, 27 Aug 2026 12:15:16 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-08-28 16:30:58.381716
- Title: FoldPipe: Bounded Remote Streaming of Native Molecular Shards with Asynchronous Prefetch
- Title(参考訳): FoldPipe: 非同期プレフェッチによるネイティブ分子シャードのリモートストリーミング境界
- Abstract要約: FoldPipeは、PyTorchとPyTorch Geometricデータのための軽量なPythonオーケストレーション層である。
コンシューマが現在のシャードでトレーニングしている間に、バックグラウンドスレッドで1つのシャードを前もって取得し、ライブシャードペイロードの数をバウンドする。
MD17アスピリン上でのシュネットエネルギーと力の負荷をTesla T4上で20対のオーダー交互ベンチマークで評価した。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Training molecular machine-learning models on ephemeral or memory-constrained accelerator instances can require repeatedly retrieving preprocessed molecular graphs from remote storage. FoldPipe is a lightweight Python orchestration layer for already-sharded PyTorch and PyTorch Geometric data. It retrieves one shard ahead in a background thread while the consumer trains on the current shard, keeping the number of live shard payloads bounded with respect to total dataset size. Asynchronous prefetch and bounded buffering are established systems techniques rather than novel scheduling algorithms. FoldPipe's contribution is a small integration targeted at native .pt molecular shards together with a source-pinned empirical characterization of its operating regime. We evaluate a SchNet energy-and-force workload on MD17 aspirin using 20 paired, order-alternating benchmark passes on a Tesla T4. Each pass processes five pinned shards containing 25,000 structures. FoldPipe records 16.33 s mean I/O-compute overlap, compared with zero by construction for the sequential bounded baseline. Mean pass time is 76.78 s for FoldPipe and 83.37 s for the baseline. However, the geometric mean paired speedup is $1.059\times$ with a 95% bootstrap interval from $0.878\times$ to $1.288\times$. The experiment therefore verifies the overlap mechanism but is inconclusive about a reliable wall-clock speed advantage under the observed public-network variability.
- Abstract(参考訳): 短命またはメモリ制限された加速器インスタンス上の分子機械学習モデルを訓練するには、リモートストレージから繰り返し処理済みの分子グラフを取得する必要がある。
FoldPipeは、すでにシャードなPyTorchとPyTorch Geometricデータのための軽量なPythonオーケストレーション層である。
コンシューマが現在のシャードをトレーニングしている間に、バックグラウンドスレッドで1つのシャードを前もって取得し、データセットサイズ全体に対して、ライブシャードペイロードの数をバウンドする。
非同期プリフェッチと有界バッファリングは、新しいスケジューリングアルゴリズムではなく、確立されたシステム技術である。
FoldPipeのコントリビューションは、.NETネイティブをターゲットとした小さな統合である。
pt分子シャードは、その動作状態のソースピンによる経験的特徴とともに保持される。
MD17アスピリン上でのシュネットエネルギーと力の負荷をTesla T4上で20対のオーダー交互ベンチマークで評価した。
各パスは、25,000の構造物を含む5本のピン付きシャードを処理する。
FoldPipeは16.33秒でI/O計算のオーバーラップを意味し、逐次有界ベースラインの構成はゼロである。
平均パス時間はFoldPipeで76.78秒、ベースラインで83.37秒である。
しかし、幾何平均ペアスピードアップは$1.059\times$であり、95%のブートストラップ間隔は$0.878\times$から$1.288\times$である。
この実験は重なり合いのメカニズムを検証するが、観測された公開ネットワークのばらつきの下では、信頼性の高いウォールクロック速度の優位性については不確定である。
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