論文の概要: Effective Resistance and Graph Neural Network Reliability in Tissue-Specific Interactomes
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2610.02175v1
- Date: Thu, 01 Oct 2026 17:57:10 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-10-03 01:19:24.36285
- Title: Effective Resistance and Graph Neural Network Reliability in Tissue-Specific Interactomes
- Title(参考訳): 組織特異的インタクトームにおける有効抵抗性とグラフニューラルネットワークの信頼性
- Abstract要約: タンパク質関数アノテーションは、モデルが予測するものだけでなく、どの予測を不信にするかを知る必要がある。
組織固有の相互作用構造がその情報を持っているかどうかを問う。
24種以上の組織特異的相互作用体は逆の程度に支配され、共発現フィルターネットワークが成長するにつれて変性が深まる。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Protein function annotation needs to know which predictions to distrust, not only what a model predicts. We ask whether tissue-specific interaction structure carries that information. Our candidate signal is effective resistance, used previously to relieve over-squashing by rewiring. Across 24 tissue-specific interactomes it is dominated by inverse degree, and the degeneration deepens as the co-expression filtered network grows, with a Spearman correlation of -0.955. The residual departure from that limit exceeds degree-preserving null graphs in all 24 networks. Controlling for predictive entropy, degree, annotation cardinality, local structure and feature-only difficulty, the residual explains additional per-node loss in 19 of 24 held-out networks once a permutation floor is subtracted, at every depth, and the effect strengthens monotonically with depth. The increment reaches 0.37% of the variance the controls leave unexplained, 5.6 times a permutation floor, against 1.5 times when the model is retrained in a degree-preserving null world. Selective prediction improves negligibly. The signal is reproducible; degree degeneration bounds it.
- Abstract(参考訳): タンパク質関数アノテーションは、モデルが予測するものだけでなく、どの予測を不信にするかを知る必要がある。
組織固有の相互作用構造がその情報を持っているかどうかを問う。
候補信号は有効抵抗であり, 従来, スイッチングによるオーバーカッシングの緩和に利用されていた。
24個以上の組織特異的相互作用は逆の程度に支配され、コプレッションフィルターネットワークが成長するにつれて変性は深まり、スピアマン相関は-0.955である。
この極限からの残差は、全24ネットワークにおける次数保存のヌルグラフを超える。
予測エントロピー、度合い、アノテーションの濃度、局所構造、特徴のみの難しさを制御し、残余は、置換フロアがすべての深さで減算されると24のホールトアウトネットワークのうち19のノード当たりの損失を補足し、その効果は深さとともに単調に強化する。
このインクリメントは、制御が説明できないばらつきの0.37%、置換フロアの5.6倍、モデルが保存されるヌルワールドで再トレーニングされる1.5倍に達する。
選択予測は無視的に改善する。
信号は再現可能である。
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