論文の概要: Machine Learning Implicit Solvation for Molecular Dynamics

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2106.07492v1
• Date: Mon, 14 Jun 2021 15:21:45 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2021-06-15 15:32:25.890658
• Title: Machine Learning Implicit Solvation for Molecular Dynamics
• Title（参考訳）: 機械学習の分子動力学への応用
• Authors: Yaoyi Chen, Andreas Kr\"amer, Nicholas E. Charron, Brooke E. Husic, Cecilia Clementi, Frank No\'e
• Abstract要約: 平均力の暗黙の溶媒ポテンシャルをモデル化するために,グラフニューラルネットワークであるボルネットを導入した。 この手法の成功は、溶媒効果の正確なモデリングに機械学習手法を適用することの潜在的利点を示すものである。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Accurate modeling of the solvent environment for biological molecules is crucial for computational biology and drug design. A popular approach to achieve long simulation time scales for large system sizes is to incorporate the effect of the solvent in a mean-field fashion with implicit solvent models. However, a challenge with existing implicit solvent models is that they often lack accuracy or certain physical properties compared to explicit solvent models, as the many-body effects of the neglected solvent molecules is difficult to model as a mean field. Here, we leverage machine learning (ML) and multi-scale coarse graining (CG) in order to learn implicit solvent models that can approximate the energetic and thermodynamic properties of a given explicit solvent model with arbitrary accuracy, given enough training data. Following the previous ML--CG models CGnet and CGSchnet, we introduce ISSNet, a graph neural network, to model the implicit solvent potential of mean force. ISSNet can learn from explicit solvent simulation data and be readily applied to MD simulations. We compare the solute conformational distributions under different solvation treatments for two peptide systems. The results indicate that ISSNet models can outperform widely-used generalized Born and surface area models in reproducing the thermodynamics of small protein systems with respect to explicit solvent. The success of this novel method demonstrates the potential benefit of applying machine learning methods in accurate modeling of solvent effects for in silico research and biomedical applications.
• Abstract（参考訳）: 生物分子の溶媒環境の正確なモデリングは、計算生物学と薬物設計に不可欠である。 システムサイズの長いシミュレーション時間スケールを達成するための一般的なアプローチは、溶媒の効果を暗黙の溶媒モデルで平均場に組み込むことである。 しかしながら、既存の暗黙溶媒モデルにおける課題は、無視された溶媒分子の多体効果が平均場としてモデル化することが困難であるため、明示溶媒モデルと比較して精度や特定の物理的性質が欠けていることである。 そこで,我々は機械学習 (ml) と多スケール粗粒化 (cg) を利用して,与えられた明示的な溶媒モデルのエネルギー的および熱力学的性質を十分に訓練されたデータから任意の精度で近似できる暗黙の溶媒モデルを学習する。 従来の ml-cg モデル cgnet と cgschnet に続いて,グラフニューラルネットワークである issnet を導入し,平均力の暗黙の溶媒ポテンシャルをモデル化する。 ISSNetは明示的な溶媒シミュレーションデータから学習でき、MDシミュレーションにも容易に適用できる。 2つのペプチド系に対する溶解処理における溶質配座分布の比較を行った。 その結果, ISSNetモデルでは, 顕在溶媒に対する小タンパク質系の熱力学の再現において, 広く用いられている一般化ボルンモデルや表面積モデルよりも優れることが示された。 この手法の成功は、シリコ研究および生物医学応用における溶媒効果の正確なモデリングに機械学習手法を適用する潜在的な利点を示している。

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