論文の概要: SPOT: Sequential Predictive Modeling of Clinical Trial Outcome with
Meta-Learning
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2304.05352v1
- Date: Fri, 7 Apr 2023 23:04:27 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-04-12 14:08:17.439817
- Title: SPOT: Sequential Predictive Modeling of Clinical Trial Outcome with
Meta-Learning
- Title（参考訳）: SPOT:メタラーニングによる臨床試験結果の逐次予測モデル
- Authors: Zifeng Wang and Cao Xiao and Jimeng Sun
- Abstract要約: 臨床試験は薬物開発に不可欠であるが、時間を要する、費用がかかる、失敗する傾向がある。
本稿では,まず,複数ソースの臨床試験データを関連するトライアルトピックにクラスタリングするために,臨床トライアル結果の逐次予測mOdeling(SPOT)を提案する。
タスクとして各トライアルシーケンスを考慮して、メタ学習戦略を使用して、モデルが最小限のアップデートで新しいタスクに迅速に適応できるポイントを達成する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 67.8195828626489
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Clinical trials are essential to drug development but time-consuming, costly,
and prone to failure. Accurate trial outcome prediction based on historical
trial data promises better trial investment decisions and more trial success.
Existing trial outcome prediction models were not designed to model the
relations among similar trials, capture the progression of features and designs
of similar trials, or address the skewness of trial data which causes inferior
performance for less common trials.
To fill the gap and provide accurate trial outcome prediction, we propose
Sequential Predictive mOdeling of clinical Trial outcome (SPOT) that first
identifies trial topics to cluster the multi-sourced trial data into relevant
trial topics. It then generates trial embeddings and organizes them by topic
and time to create clinical trial sequences. With the consideration of each
trial sequence as a task, it uses a meta-learning strategy to achieve a point
where the model can rapidly adapt to new tasks with minimal updates. In
particular, the topic discovery module enables a deeper understanding of the
underlying structure of the data, while sequential learning captures the
evolution of trial designs and outcomes. This results in predictions that are
not only more accurate but also more interpretable, taking into account the
temporal patterns and unique characteristics of each trial topic. We
demonstrate that SPOT wins over the prior methods by a significant margin on
trial outcome benchmark data: with a 21.5\% lift on phase I, an 8.9\% lift on
phase II, and a 5.5\% lift on phase III trials in the metric of the area under
precision-recall curve (PR-AUC).
- Abstract（参考訳）: 臨床試験は薬物開発に不可欠であるが、時間がかかり、費用がかかり、失敗しやすい。
過去の試用データに基づく正確な試用結果予測は、より良い試用投資決定とより多くの試用成功を約束する。
既存の試行結果予測モデルは、類似の試行間の関係をモデル化したり、類似の試行の特徴や設計の進歩を捉えたり、より少ない試行において性能の低下を引き起こす試行データの難しさに対処するために設計されたものではない。
このギャップを埋め、正確な臨床試験結果予測を提供するために、まず臨床試験トピックを識別し、マルチソーストライアルデータを関連するトライアルトピックにクラスタリングするSPOT(Sequential Predictive mOdeling of Clinical Trial outcome)を提案する。
その後、臨床試験の埋め込みを生成し、トピックと時間でそれらを整理して臨床試験のシーケンスを作成する。
タスクとして各トライアルシーケンスを考慮して、メタ学習戦略を使用して、モデルが最小限のアップデートで新しいタスクに迅速に適応できるポイントを達成する。
特に、トピックディスカバリモジュールはデータの基盤構造をより深く理解することができ、シーケンシャルラーニングは試行的な設計と結果の進化を捉えている。
この結果は、各試行トピックの時間パターンとユニークな特徴を考慮して、より正確であるだけでなく、より解釈しやすい予測をもたらす。
第i相の21.5\%リフト、第ii相の8.9\%リフト、第iii相のトライアルの5.5\%リフト、精度・リコール曲線(pr-auc)のメートル法において、spotが以前の方法よりも大きなマージンで勝っていることを実証した。
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