論文の概要: Absorption spectra of the purple nonsulfur bacteria light-harvesting
complex: a DFT study of the B800 part
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2311.02024v1
- Date: Fri, 3 Nov 2023 16:40:35 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-11-06 13:33:39.381260
- Title: Absorption spectra of the purple nonsulfur bacteria light-harvesting
complex: a DFT study of the B800 part
- Title（参考訳）: 紫非硫黄細菌光ハーベスティング複合体の吸収スペクトル:B800部分のDFTによる研究
- Authors: L.V. Begunovich, E.A. Kovaleva, M.M. Korshunov, V.F. Shabanov
- Abstract要約: 我々はRhodoblastus acidophilus light-harvesting complex (LH2)のB800部分の研究を行った。
我々は、LH2のさらなる研究に適した、特定の方法と最小限の信頼性モデルを決定しました。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: We've studied the B800 part of Rhodoblastus acidophilus light-harvesting
complex (LH2) by several quantum chemical techniques based on the density
functional theory (DFT) and determined the specific method and a minimal
reliable model suitable for further studies of the LH2. In addition to
bacteriochlorophyll a molecules, the minimal model includes two $\alpha$ and
one $\beta$ chain amino acids. Within the model, we are able to reproduce the
contribution of the B800 ring of nine bacteriochlorophyll a molecules to the
near infrared $Q_y$ absorption band. We also discuss the use of hybrid DFT
calculations for precise energy and optical estimations and DFT-based tight
binding (DFTB) method for the large-scale calculations. Crucial importance of
Hartree-Fock exchange interaction for the correct description of B800 peak
position was shown.
- Abstract（参考訳）: 我々は密度汎関数理論(DFT)に基づく数種類の量子化学的手法を用いて、Rhodoblastus acidophilus light-harvesting complex (LH2)のB800部分を研究し、LH2のさらなる研究に適した具体的な方法と最小限の信頼性モデルを決定する。
バクテリオクロロフィルa分子に加えて、最小モデルは2つの$\alpha$と1つの$\beta$チェーンアミノ酸を含む。
モデル内では、9つのバクテリオクロロフィルa分子のb800環が近赤外の$q_y$吸収帯に寄与していることを再現することができる。
また, 高精度エネルギー・光推定におけるハイブリッドDFT計算と大規模計算におけるDFTB法についても検討した。
B800ピーク位置の正確な記述におけるハーツリー・フォック交換相互作用の重要性が示された。
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