論文の概要: Biomedical Open Source Software: Crucial Packages and Hidden Heroes
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2404.06672v1
- Date: Wed, 10 Apr 2024 01:22:02 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-04-11 15:49:13.640506
- Title: Biomedical Open Source Software: Crucial Packages and Hidden Heroes
- Title（参考訳）: バイオメディカルオープンソースソフトウェア: クルーシアルパッケージと隠れヒーロー
- Authors: Andrew Nesbitt, Boris Veytsman, Daniel Mietchen, Eva Maxfield Brown, James Howison, João Felipe Pimentel, Laurent Hèbert-Dufresne, Stephan Druskat,
- Abstract要約: バイオメディカルペーパーで使用されるソフトウェアの依存関係をマップし、ソフトウェアエコシステムに不可欠なパッケージを見つけます。
ソフトウェア依存ネットワークの集中度指標を提案し,3つのエコシステム(PyPi,CRAN,Bioconductor)を分析し,最も集中度の高いパッケージを決定する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 2.3960586265742574
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Despite the importance of scientific software for research, it is often not formally recognized and rewarded. This is especially true for foundation libraries, which are used by the software packages visible to the users, being ``hidden'' themselves. The funders and other organizations need to understand the complex network of computer programs that the modern research relies upon. In this work we used CZ Software Mentions Dataset to map the dependencies of the software used in biomedical papers and find the packages critical to the software ecosystems. We propose the centrality metrics for the network of software dependencies, analyze three ecosystems (PyPi, CRAN, Bioconductor) and determine the packages with the highest centrality.
- Abstract（参考訳）: 研究のための科学ソフトウェアの重要性にもかかわらず、公式には認められず、報酬も与えられないことが多い。
これは、ユーザが目にするソフトウェアパッケージで使われている基礎ライブラリに特に当てはまり、‘hidden’自身である。
資金提供者やその他の組織は、現代の研究が依存する複雑なコンピュータプログラムのネットワークを理解する必要がある。
この作業では、CZ Software Mentions Datasetを使用して、バイオメディカルペーパーで使用されるソフトウェアの依存関係をマッピングし、ソフトウェアエコシステムに不可欠なパッケージを見つけました。
ソフトウェア依存ネットワークの集中度指標を提案し,3つのエコシステム(PyPi,CRAN,Bioconductor)を分析し,最も集中度の高いパッケージを決定する。
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