論文の概要: Foundation Inference Models for Markov Jump Processes

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2406.06419v1
• Date: Mon, 10 Jun 2024 16:12:00 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-06-11 13:09:08.285103
• Title: Foundation Inference Models for Markov Jump Processes
• Title（参考訳）: マルコフジャンプ過程のファンデーション推論モデル
• Authors: David Berghaus, Kostadin Cvejoski, Patrick Seifner, Cesar Ojeda, Ramses J. Sanchez,
• Abstract要約: 境界状態空間上のマルコフジャンプ過程(MJP)のゼロショット推論手法を提案する。 1つの(事前訓練された)モデルと同一の(事前訓練された)モデルは、ゼロショットの方法で、異なる次元の状態空間で進化する隠れMJPを推論することができる。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 3.005912045854039
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Markov jump processes are continuous-time stochastic processes which describe dynamical systems evolving in discrete state spaces. These processes find wide application in the natural sciences and machine learning, but their inference is known to be far from trivial. In this work we introduce a methodology for zero-shot inference of Markov jump processes (MJPs), on bounded state spaces, from noisy and sparse observations, which consists of two components. First, a broad probability distribution over families of MJPs, as well as over possible observation times and noise mechanisms, with which we simulate a synthetic dataset of hidden MJPs and their noisy observation process. Second, a neural network model that processes subsets of the simulated observations, and that is trained to output the initial condition and rate matrix of the target MJP in a supervised way. We empirically demonstrate that one and the same (pretrained) model can infer, in a zero-shot fashion, hidden MJPs evolving in state spaces of different dimensionalities. Specifically, we infer MJPs which describe (i) discrete flashing ratchet systems, which are a type of Brownian motors, and the conformational dynamics in (ii) molecular simulations, (iii) experimental ion channel data and (iv) simple protein folding models. What is more, we show that our model performs on par with state-of-the-art models which are finetuned to the target datasets.
• Abstract（参考訳）: マルコフジャンプ過程は離散状態空間内で進化する力学系を記述する連続時間確率過程である。 これらのプロセスは自然科学や機械学習に広く応用されているが、それらの推論は自明なものではないことが知られている。 本研究では,マルコフジャンプ過程 (MJP) のゼロショット推論手法を紹介する。 まず, 隠れたMJPの合成データセットとそのノイズ観測過程をシミュレートした, 観測時間やノイズ機構を網羅した, MJPの家族に対する広い確率分布について検討した。 次に、シミュレーション観測のサブセットを処理し、ターゲットMJPの初期条件とレート行列を教師付き方法で出力するように訓練するニューラルネットワークモデルを提案する。 我々は、異なる次元の状態空間で進化する隠れMJPを、ゼロショット方式で1と同一(事前訓練)モデルで推論できることを実証的に実証した。 特に、記述するMJPを推測する。 一 ブラウンモータの一種である離散点火ラチェット系及びコンフォメーションダイナミクス (II)分子シミュレーション 三 実験イオンチャンネルデータ及び実験イオンチャンネルデータ (4)単純なタンパク質折り畳みモデル。 さらに,本モデルでは,対象データセットに微調整した最先端モデルと同等の性能を示す。

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