論文の概要: Gene-Level Representation Learning via Interventional Style Transfer in Optical Pooled Screening

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2406.07763v1
• Date: Tue, 11 Jun 2024 22:56:50 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-06-13 20:56:21.814214
• Title: Gene-Level Representation Learning via Interventional Style Transfer in Optical Pooled Screening
• Title（参考訳）: 光ポーリングスクリーニングにおけるインターベンショナルスタイル転送による遺伝子レベル表現学習
• Authors: Mahtab Bigverdi, Burkhard Hockendorf, Heming Yao, Phil Hanslovsky, Romain Lopez, David Richmond,
• Abstract要約: 光プールスクリーニング(OPS)を用いて得られた遺伝的摂動細胞の画像から、遺伝子レベルの特徴表現を学習するためのスタイル変換アプローチを採用する。 本手法は,遺伝子機能に応じた遺伝子表現のクラスタリングにおける工学的特徴よりも優れ,潜伏する生物学的関係を明らかにするために有用であることを示す。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 3.7038542578642715
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
• Abstract: Optical pooled screening (OPS) combines automated microscopy and genetic perturbations to systematically study gene function in a scalable and cost-effective way. Leveraging the resulting data requires extracting biologically informative representations of cellular perturbation phenotypes from images. We employ a style-transfer approach to learn gene-level feature representations from images of genetically perturbed cells obtained via OPS. Our method outperforms widely used engineered features in clustering gene representations according to gene function, demonstrating its utility for uncovering latent biological relationships. This approach offers a promising alternative to investigate the role of genes in health and disease.
• Abstract（参考訳）: 光プールスクリーニング(OPS)は、自動顕微鏡と遺伝的摂動を組み合わせて、スケーラブルで費用対効果の高い方法で遺伝子機能を体系的に研究する。 得られたデータを活用するには、画像から細胞内摂動表現型の生物学的に有益な表現を抽出する必要がある。 我々は、OPSを用いて得られた遺伝的摂動細胞の画像から、遺伝子レベルの特徴表現を学習するために、スタイル-トランスファーアプローチを採用する。 本手法は,遺伝子機能に応じた遺伝子表現のクラスタリングにおける工学的特徴よりも優れ,潜伏する生物学的関係を明らかにするために有用であることを示す。 このアプローチは、健康と病気における遺伝子の役割を調べるための有望な代替手段を提供する。

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