論文の概要: Universally applicable and tunable graph-based coarse-graining for Machine learning force fields

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2504.01973v1
• Date: Mon, 24 Mar 2025 16:55:53 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-04-13 05:19:31.634599
• Title: Universally applicable and tunable graph-based coarse-graining for Machine learning force fields
• Title（参考訳）: 機械学習力場に対する普遍的適用性と調整可能なグラフベース粗粒化
• Authors: Christoph Brunken, Sebastien Boyer, Mustafa Omar, Martin Maarand, Olivier Peltre, Solal Attias, Bakary N'tji Diallo, Anastasia Markina, Olaf Othersen, Oliver Bent,
• Abstract要約: 本報告では, トランスファー可能な DL ベースの CG 力場アプローチを, 幅広いバイオシステムに対して提案する。 我々のCGアルゴリズムは、ハードコードされた規則に頼らず、最小の統計的雑音に最適化された粗粒度のシステムを出力するように調整されている。 我々の力場モデルは、MACEアーキテクチャに基づく最初のCG変種であり、カスタムデータセットで訓練されている。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 2.562432568682358
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Coarse-grained (CG) force field methods for molecular systems are a crucial tool to simulate large biological macromolecules and are therefore essential for characterisations of biomolecular systems. While state-of-the-art deep learning (DL)-based models for all-atom force fields have improved immensely over recent years, we observe and analyse significant limitations of the currently available approaches for DL-based CG simulations. In this work, we present the first transferable DL-based CG force field approach (i.e., not specific to only one narrowly defined system type) applicable to a wide range of biosystems. To achieve this, our CG algorithm does not rely on hard-coded rules and is tuned to output coarse-grained systems optimised for minimal statistical noise in the ground truth CG forces, which results in significant improvement of model training. Our force field model is also the first CG variant that is based on the MACE architecture and is trained on a custom dataset created by a new approach based on the fragmentation of large biosystems covering protein, RNA and lipid chemistry. We demonstrate that our model can be applied in molecular dynamics simulations to obtain stable and qualitatively accurate trajectories for a variety of systems, while also discussing cases for which we observe limited reliability.
• Abstract（参考訳）: 分子系の粗粒化(CG)力場法は、大きな生体高分子をシミュレートする重要なツールであり、したがって生体分子系の特性化に必須である。 近年,全原子力場のための最先端深層学習(DL)モデルは大幅に改善されているが,現在利用可能なDLベースのCGシミュレーションのアプローチの重大な制限を観察し分析している。 本研究は, 生体系に適応する最初のトランスファー可能な DL ベースの CG 力場アプローチ(狭義のシステムタイプのみに特化しない)を提案する。 これを実現するため,我々のCGアルゴリズムは厳密な規則に頼らず,基礎的真理CG力の最小統計雑音に最適化された粗い粒度のシステムを出力するように調整し,モデルトレーニングを大幅に改善する。 我々の力場モデルは、MACEアーキテクチャに基づく最初のCG変異体であり、タンパク質、RNA、脂質化学を包含する大規模なバイオシステムの断片化に基づく新しいアプローチによって作成されたカスタムデータセットに基づいて訓練されている。 本研究では,分子動力学シミュレーションに応用して,様々なシステムに対して安定かつ定性的に正確な軌道を求めるとともに,信頼性が低い場合についても考察する。

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