論文の概要: Conditional Hierarchical Bayesian Tucker Decomposition for Genetic Data Analysis
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/1911.12426v7
- Date: Fri, 16 Aug 2024 20:10:03 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-08-21 06:51:56.072763
- Title: Conditional Hierarchical Bayesian Tucker Decomposition for Genetic Data Analysis
- Title(参考訳): 遺伝的データ解析のための条件付き階層型ベイズタッカー分解
- Authors: Adam Sandler, Diego Klabjan, Yuan Luo,
- Abstract要約: 4種類のがんに共通する危険因子を見つけるために,患者の変異に基づいて遺伝子および生物学的経路群を作成する。
遅延ディリクレ割り当てを複数の次元に拡張し、階層的トピックモデリングのための異なる手法を設計する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 16.086678713206684
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: We analyze large, multi-dimensional, sparse counting data sets, finding unsupervised groups to provide unique insights into genetic data. We create gene and biological pathway groups based on patients' variants to find common risk factors for four common types of cancer (breast, lung, prostate, and colorectal) and autism spectrum disorder. To accomplish this, we extend latent Dirichlet allocation to multiple dimensions and design distinct methods for hierarchical topic modeling. We find that our conditional hierarchical Bayesian Tucker decomposition models are more coherent than baseline models.
- Abstract(参考訳): 我々は、大規模で多次元のスパースカウントデータセットを分析し、遺伝的データに対するユニークな洞察を提供するために教師なしのグループを見つける。
本研究は,4種類のがん(乳癌,肺がん,前立腺がん,大腸癌)と自閉症スペクトラム障害の共通危険因子を見つけるために,患者の変異に基づく遺伝子および生物学的経路群を作成する。
そこで我々は,遅延ディリクレ割り当てを複数の次元に拡張し,階層的トピックモデリングのための異なる手法を設計する。
条件付き階層的ベイズ・タッカー分解モデルはベースラインモデルよりも一貫性が高い。
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