論文の概要: MIA-Prognosis: A Deep Learning Framework to Predict Therapy Response
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2010.04062v1
- Date: Thu, 8 Oct 2020 15:30:17 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-10-09 11:22:19.105706
- Title: MIA-Prognosis: A Deep Learning Framework to Predict Therapy Response
- Title(参考訳): MIA-Prognosis: 治療反応を予測するディープラーニングフレームワーク
- Authors: Jiancheng Yang, Jiajun Chen, Kaiming Kuang, Tiancheng Lin, Junjun He,
Bingbing Ni
- Abstract要約: 本稿では,患者の予後と治療反応を予測するための統合型深層学習手法を提案する。
我々は,マルチモーダル非同期時系列分類タスクとして,確率モデリングを定式化する。
我々の予測モデルは、長期生存の観点から、低リスク、高リスクの患者をさらに階層化する可能性がある。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 58.0291320452122
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Predicting clinical outcome is remarkably important but challenging. Research
efforts have been paid on seeking significant biomarkers associated with the
therapy response or/and patient survival. However, these biomarkers are
generally costly and invasive, and possibly dissatifactory for novel therapy.
On the other hand, multi-modal, heterogeneous, unaligned temporal data is
continuously generated in clinical practice. This paper aims at a unified deep
learning approach to predict patient prognosis and therapy response, with
easily accessible data, e.g., radiographics, laboratory and clinical
information. Prior arts focus on modeling single data modality, or ignore the
temporal changes. Importantly, the clinical time series is asynchronous in
practice, i.e., recorded with irregular intervals. In this study, we formalize
the prognosis modeling as a multi-modal asynchronous time series classification
task, and propose a MIA-Prognosis framework with Measurement, Intervention and
Assessment (MIA) information to predict therapy response, where a Simple
Temporal Attention (SimTA) module is developed to process the asynchronous time
series. Experiments on synthetic dataset validate the superiory of SimTA over
standard RNN-based approaches. Furthermore, we experiment the proposed method
on an in-house, retrospective dataset of real-world non-small cell lung cancer
patients under anti-PD-1 immunotherapy. The proposed method achieves promising
performance on predicting the immunotherapy response. Notably, our predictive
model could further stratify low-risk and high-risk patients in terms of
long-term survival.
- Abstract(参考訳): 臨床結果の予測は極めて重要であるが、難しい。
治療反応や患者生存に関連する重要なバイオマーカーの探索に研究費が支払われている。
しかし、これらのバイオマーカーは一般的に高価で侵襲的であり、おそらく新規治療には不満足である。
一方, 臨床実践では, マルチモーダル, 不均一, 非整合の時空間データが連続的に生成される。
本稿では, 放射線画像, 検査情報, 臨床情報など, 容易にアクセス可能なデータを用いて, 患者の予後と治療反応を予測するための, 統合型深層学習手法を提案する。
先行技術は単一のデータモダリティのモデリング、あるいは時間的変化の無視に重点を置いている。
重要なことに、臨床の時系列は実際に非同期、すなわち不規則な間隔で記録される。
本研究では,マルチモーダルな非同期時系列分類タスクとしてプログノーシスモデリングを形式化し,測定・インターベンション・アンド・アセスメント(MIA)情報を用いたMIA-プログノーシス・フレームワークを提案し,非同期時系列を処理するためのシンプルなテンポラルアテンション(SimTA)モジュールを開発した。
合成データセットの実験は、標準RNNアプローチよりもSimTAの優位性を検証する。
さらに, 抗pd-1免疫療法を施行した非小細胞肺癌患者に対して, 内的, ふりかえりデータセットで提案手法を実験した。
提案手法は免疫療法反応の予測において有望な性能を発揮する。
特に, 長期生存率の面では, 低リスク・高リスク患者の階層化が期待できる。
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