論文の概要: MoCLIM: Towards Accurate Cancer Subtyping via Multi-Omics Contrastive Learning with Omics-Inference Modeling

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2308.09725v2
• Date: Thu, 24 Aug 2023 04:38:45 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-08-25 17:10:43.325620
• Title: MoCLIM: Towards Accurate Cancer Subtyping via Multi-Omics Contrastive Learning with Omics-Inference Modeling
• Title（参考訳）: MoCLIM:Omics-Inference Modelingを用いたマルチオミクスコントラスト学習による正確な癌サブタイピングを目指して
• Authors: Ziwei Yang, Zheng Chen, Yasuko Matsubara, Yasushi Sakurai
• Abstract要約: 我々は癌サブタイプのための表現学習フレームワークであるMoCLIMを開発した。 その結果,本手法は,高次元癌症例の少ない症例において,データ適合性やサブタイプ性能を著しく向上させることが示唆された。 本フレームワークは, 各種医療評価を最終要素として含み, 医療分析における高い解釈可能性を提供する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 9.900594964709116
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Precision medicine fundamentally aims to establish causality between dysregulated biochemical mechanisms and cancer subtypes. Omics-based cancer subtyping has emerged as a revolutionary approach, as different level of omics records the biochemical products of multistep processes in cancers. This paper focuses on fully exploiting the potential of multi-omics data to improve cancer subtyping outcomes, and hence developed MoCLIM, a representation learning framework. MoCLIM independently extracts the informative features from distinct omics modalities. Using a unified representation informed by contrastive learning of different omics modalities, we can well-cluster the subtypes, given cancer, into a lower latent space. This contrast can be interpreted as a projection of inter-omics inference observed in biological networks. Experimental results on six cancer datasets demonstrate that our approach significantly improves data fit and subtyping performance in fewer high-dimensional cancer instances. Moreover, our framework incorporates various medical evaluations as the final component, providing high interpretability in medical analysis.
• Abstract（参考訳）: 精密医学は基本的に、不規則な生化学的機構とがんのサブタイプの間の因果関係を確立することを目的としている。 omicsベースのがんのサブタイプは、がんにおける多段階プロセスの生化学的産物を記録するため、革新的なアプローチとして現れてきた。 本稿では,マルチオミクスデータの可能性を十分に活用し,がんのサブタイピング結果を改善することに焦点を当て,表現学習フレームワークmoclimを開発した。 MoCLIMは独自のオミクスモーダルから情報的特徴を抽出する。 異なるオミクスモダリティの対照的な学習によって伝達される統一された表現を用いて、与えられたがんのサブタイプを下位の潜伏空間に適切にまとめることができる。 このコントラストは、生物学的ネットワークで観察されるオミクス間推論の投影と解釈できる。 6つのがんデータセットに対する実験結果から,本手法はより少ない高次元がん症例において,データ適合性とサブタイプ性能を著しく向上することが示された。 さらに, 様々な医療評価を最終要素として取り入れ, 医療分析における高い解釈性を提供する。

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