論文の概要: ReactAIvate: A Deep Learning Approach to Predicting Reaction Mechanisms and Unmasking Reactivity Hotspots
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.10090v1
- Date: Sun, 14 Jul 2024 05:53:18 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-07-16 19:28:46.686419
- Title: ReactAIvate: A Deep Learning Approach to Predicting Reaction Mechanisms and Unmasking Reactivity Hotspots
- Title（参考訳）: ReactAIvate: 反応メカニズムの予測と反応ホットスポットのアンマキングに対するディープラーニングアプローチ
- Authors: Ajnabiul Hoque, Manajit Das, Mayank Baranwal, Raghavan B. Sunoj,
- Abstract要約: 我々は,反応ステップ分類の精度を96%とほぼ均一に達成した,解釈可能な注意に基づくGNNを開発した。
我々のモデルは、配布外クラスからでも、キー原子を十分に識別します。
この一般性は、モジュラーな方法で新しい反応型を包含することができるため、新しい分子の反応性を理解するための専門家にとって価値がある。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 4.362338454684645
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: A chemical reaction mechanism (CRM) is a sequence of molecular-level events involving bond-breaking/forming processes, generating transient intermediates along the reaction pathway as reactants transform into products. Understanding such mechanisms is crucial for designing and discovering new reactions. One of the currently available methods to probe CRMs is quantum mechanical (QM) computations. The resource-intensive nature of QM methods and the scarcity of mechanism-based datasets motivated us to develop reliable ML models for predicting mechanisms. In this study, we created a comprehensive dataset with seven distinct classes, each representing uniquely characterized elementary steps. Subsequently, we developed an interpretable attention-based GNN that achieved near-unity and 96% accuracy, respectively for reaction step classification and the prediction of reactive atoms in each such step, capturing interactions between the broader reaction context and local active regions. The near-perfect classification enables accurate prediction of both individual events and the entire CRM, mitigating potential drawbacks of Seq2Seq approaches, where a wrongly predicted character leads to incoherent CRM identification. In addition to interpretability, our model adeptly identifies key atom(s) even from out-of-distribution classes. This generalizabilty allows for the inclusion of new reaction types in a modular fashion, thus will be of value to experts for understanding the reactivity of new molecules.
- Abstract（参考訳）: ケミカル・リアクション・メカニズム(CRM)は、反応経路に沿って過渡的な中間体を生成し、反応物質が生成物へと変化する過程を含む分子レベルの事象の系列である。
このようなメカニズムを理解することは、新しい反応の設計と発見に不可欠である。
CRMを探索するための現在利用可能な方法の1つは量子力学(QM)計算である。
QM手法の資源集約的な性質とメカニズムベースのデータセットの不足は、我々はメカニズムを予測するための信頼性の高いMLモデルを開発する動機となった。
本研究では,7つの異なるクラスを持つ包括的データセットを作成し,それぞれが特徴的基本ステップを表現した。
その後,反応過程の分類と反応原子の予測を行い,より広い反応コンテキストと局所活性領域の相互作用を捉えるために,ほぼ均一かつ96%の精度で解析可能な注意ベースGNNを開発した。
ほぼ完璧な分類は、個々のイベントとCRM全体の正確な予測を可能にし、Seq2Seqアプローチの潜在的な欠点を軽減する。
解釈可能性に加えて,本モデルでは,配布外クラスからでも鍵原子を十分に同定する。
この一般性は、モジュラーな方法で新しい反応型を包含することができるため、新しい分子の反応性を理解するための専門家にとって価値がある。
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