論文の概要: Distance-Preserving Spatial Representations in Genomic Data

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2408.00911v2
• Date: Sat, 04 Jan 2025 16:49:17 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-01-07 16:36:49.395369
• Title: Distance-Preserving Spatial Representations in Genomic Data
• Title（参考訳）: ゲノムデータにおける距離保存空間表現
• Authors: Wenbin Zhou, Jin-Hong Du,
• Abstract要約: 単一細胞遺伝子発現データの空間的コンテキストは、多くの下流解析において重要であるが、実際的および技術的制限のため、しばしばアクセスできない。 本稿では、提供された遺伝子発現データに関連する空間座標を再構成できる汎用表現学習・伝達学習フレームワークdp-VAEを提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: The spatial context of single-cell gene expression data is crucial for many downstream analyses, yet often remains inaccessible due to practical and technical limitations, restricting the utility of such datasets. In this paper, we propose a generic representation learning and transfer learning framework dp-VAE, capable of reconstructing the spatial coordinates associated with the provided gene expression data. Central to our approach is a distance-preserving regularizer integrated into the loss function during training, ensuring the model effectively captures and utilizes spatial context signals from reference datasets. During the inference stage, the produced latent representation of the model can be used to reconstruct or impute the spatial context of the provided gene expression by solving a constrained optimization problem. We also explore the theoretical connections between distance-preserving loss, distortion, and the bi-Lipschitz condition within generative models. Finally, we demonstrate the effectiveness of dp-VAE in different tasks involving training robustness, out-of-sample evaluation, and transfer learning inference applications by testing it over 27 publicly available datasets. This underscores its applicability to a wide range of genomics studies that were previously hindered by the absence of spatial data.
• Abstract（参考訳）: 単一細胞遺伝子発現データの空間的コンテキストは、多くのダウンストリーム解析において重要であるが、実際的および技術的制限のためにアクセスできないことが多く、そのようなデータセットの有用性が制限されている。 本稿では、提供された遺伝子発現データに関連する空間座標を再構成可能な汎用表現学習・伝達学習フレームワークdp-VAEを提案する。 我々のアプローチの中心は、トレーニング中に損失関数に統合された距離保存型正規化器であり、モデルが参照データセットから空間コンテキスト信号を効果的に捕捉し、活用することを保証する。 推論段階では、モデルが生成した潜在表現を用いて、制約された最適化問題を解くことにより、提供された遺伝子発現の空間的コンテキストを再構成またはインプットすることができる。 また、生成モデル内の距離保存損失、歪み、およびバイリプシッツ条件の理論的関係についても検討する。 最後に、27以上の公開データセットをテストすることで、ロバストネスのトレーニング、サンプル外評価、学習推測アプリケーションへの移行など、さまざまなタスクにおけるdp-VAEの有効性を実証する。 このことは、これまで空間データの欠如によって妨げられていた幅広いゲノミクス研究の適用性を強調している。

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