論文の概要: Morphological Prototyping for Unsupervised Slide Representation Learning in Computational Pathology

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2405.11643v1
• Date: Sun, 19 May 2024 18:42:36 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-05-21 14:53:04.998767
• Title: Morphological Prototyping for Unsupervised Slide Representation Learning in Computational Pathology
• Title（参考訳）: コンピュータ病理学における教師なしスライド表現学習のための形態的プロトタイピング
• Authors: Andrew H. Song, Richard J. Chen, Tong Ding, Drew F. K. Williamson, Guillaume Jaume, Faisal Mahmood,
• Abstract要約: プロトタイプベースのアプローチであるPANTHERを導入し、WSIパッチの集合をはるかに小さな形態素のプロトタイプにまとめる。 次に、幅広い下流タスクに容易に使えるコンパクトなスライド表現を構築します。 13のデータセットを用いたサブタイピングおよび生存タスクにおけるPANTHERの広範囲な評価を行うことにより,1)PANTHERは,教師付きMILベースラインと同等以上の性能を示し,2)形態素プロトタイプの解析により,モデル解釈可能性に関する新たな質的および定量的洞察がもたらされた。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 9.244356424767414
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Representation learning of pathology whole-slide images (WSIs) has been has primarily relied on weak supervision with Multiple Instance Learning (MIL). However, the slide representations resulting from this approach are highly tailored to specific clinical tasks, which limits their expressivity and generalization, particularly in scenarios with limited data. Instead, we hypothesize that morphological redundancy in tissue can be leveraged to build a task-agnostic slide representation in an unsupervised fashion. To this end, we introduce PANTHER, a prototype-based approach rooted in the Gaussian mixture model that summarizes the set of WSI patches into a much smaller set of morphological prototypes. Specifically, each patch is assumed to have been generated from a mixture distribution, where each mixture component represents a morphological exemplar. Utilizing the estimated mixture parameters, we then construct a compact slide representation that can be readily used for a wide range of downstream tasks. By performing an extensive evaluation of PANTHER on subtyping and survival tasks using 13 datasets, we show that 1) PANTHER outperforms or is on par with supervised MIL baselines and 2) the analysis of morphological prototypes brings new qualitative and quantitative insights into model interpretability.
• Abstract（参考訳）: 病理画像全体(WSI)の表現学習は、主にMIL(Multiple Instance Learning)による弱い監督に依存してきた。 しかし、このアプローチによるスライド表現は、特に限られたデータを持つシナリオにおいて、その表現性と一般化を制限する特定の臨床タスクに非常に適している。 代わりに、組織の形態的冗長性を利用して、教師なしの方法でタスク非依存のスライド表現を構築することができると仮定する。 この目的のために, ガウス混合モデルに根ざしたプロトタイプベースのアプローチであるPANTHERを導入し, WSI パッチの集合をより小さな形態素のプロトタイプにまとめる。 具体的には、各パッチは、各混合物成分がモルフォロジーの例を示す混合分布から生成されたと仮定される。 推定混合パラメータを用いて、幅広い下流タスクに容易に使用できるコンパクトなスライド表現を構築する。 13個のデータセットを用いたサブタイプおよびサバイバルタスクにおけるPANTHERの広範囲な評価を行うことにより、そのことを示す。 1)PANTHERは、監督されたMILベースラインと同等、又は同等である。 2) 形態素プロトタイプの解析は, モデル解釈可能性に新たな質的, 定量的な洞察をもたらす。

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